Bonsoir, 

 

Je vous écris car je m'aperçois ne vraisemblablement pas avoir fait les bons choix en termes de choix de groupes d'étude et extérieur, en regard de mon arbre qui ne me semble pas probant. 

 

Pour rappel, j'avais opté pour les Alphaproteobacteria comme groupe d'étude, et les Gamma et Beta comme groupe extérieur, malgré le différentiel de E-valeur entre Gamma et Beta. 

 

Je pense que mon problème vientdu fait que l'E-valeur des Gamma est trop haute. 

 

Pensez-vous qu'il serait judicieux dans le peu de temps qu'il reste de refaire une analyse en choisissant comme groupe d'étude les Proteobaceria Alpha, Gamma et Beta (pour constituer un groupe monophylétique) et choisir comme groupe extérieur tout ce qui n'est ni Alpha, ni Gamma ni Beta ? (en me basant peut-être sur mon tableau de tentative de simplification des séquences homologues ?) 

 

Le groupe extérieur serait donc Bacteria Cyanobacteria, Verrucomicrobia, Rhodothermaeota, Bacteroidetes, Planctomycetes, Chloroflexi, Acidobacteria et Actinobacteria. Ce qui m'inquiète, c'est que l'E-valeur de Beta se situe dans le même ordre de grandeur que ces bactéries. 

 

Merci par avance pour votre aide,

 

Bien cordialement, 

 

Mme RUSSO Ashley 

J'ai retenté comme évoqué plus haut, et j'obtiens des données pour l'alignement multiple très similaires, et un arbre qui n'est pas plus clair. 

 

Je note cependant que l'arbre issu du site Phylogeny est différent de celui que l'on a sur Newick Tree alors que ce sont les mêmes données, comment l'expliquer ? 

 

Je suis perplexe quant à mes choix de groupes. Je ne sais si c'est cela qui ne me permet pas d'avoir un arbre satisfaisant, ou si c'est ma séquence à la base qui pose problème pour conclure. 

 

Merci par avance pour votre aide

Bonjour Ashley,

Pour rappel, j'avais opté pour les Alphaproteobacteria comme groupe d'étude, et les Gamma et Beta comme groupe extérieur, malgré le différentiel de E-valeur entre Gamma et Beta.
 Je pense que mon problème vientdu fait que l'E-valeur des Gamma est trop haute.

Dans ce cas, vous auriez dû avoir une branche distincte avec les bêta. La situation est plus compliquée et je vous ai déjà donné des éléments de réponse.

Pensez-vous qu'il serait judicieux dans le peu de temps qu'il reste de refaire une analyse en choisissant comme groupe d'étude les Proteobaceria Alpha, Gamma et Beta (pour constituer un groupe monophylétique) et choisir comme groupe extérieur tout ce qui n'est ni Alpha, ni Gamma ni Beta ? (en me basant peut-être sur mon tableau de tentative de simplification des séquences homologues ?)
Le groupe extérieur serait donc Bacteria Cyanobacteria, Verrucomicrobia, Rhodothermaeota, Bacteroidetes, Planctomycetes, Chloroflexi, Acidobacteria et Actinobacteria. Ce qui m'inquiète, c'est que l'E-valeur de Beta se situe dans le même ordre de grandeur que ces bactéries.

Choisir l’ensemble des alpha, bêta et gamma est une possibilité, mais dans ce cas, le groupe extérieur n‘est pas l'ensemble des autres phyla (non-protéo). Vous pouvez faire un groupe extérieur plus restreint.

 

Je note cependant que l'arbre issu du site Phylogeny est différent de celui que l'on a sur Newick Tree alors que ce sont les mêmes données, comment l'expliquer ?

Le Newick tree fait référence à un format d'écriture des arbres.
Voici le début de votre arbre en format newick :
((((((((((BPA3_E-value=1e-77_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_P:0.424573,…

Cet arbre est bien le même que vous avez obtenu avec la méthode de PhyML. Quand vous utilisez l’outil NEWICK TREE MANIPULATION, la seule modificaton c'est le placement de la racine. Cela donne une apparence différente à l’arbre, car vous avez placé la racine entre le nœud qui relie l’ORF et la séquence BPA1. C’est tout.

 

Je suis perplexe quant à mes choix de groupes. Je ne sais si c'est cela qui ne me permet pas d'avoir un arbre satisfaisant, ou si c'est ma séquence à la base qui pose problème pour conclure.

 

Votre premier arbre est vaguement utilisable. Si tout va mal, tentez à placer la racine en sorte que sur une branche vous ayez l’ORF et un maximum des alpha, et à l’autre côté un maximum de gamma et bêta. Il n’est pas possible à séparer complètement le groupe d’étude et extérieur dans cet arbre, il faudra donc poser des hypothèses, pour expliquer ce mélange.

 

Deuxième possibilité (comme vous avez suggéré) : Groupe d’étude ensemble des alpha, bêta et gamma, mais utilisez le groupe extérieur correct.

 

 

Bon courage,
Emese Meglecz