re Bonjour, 

je viens d'effectuer mon arbre phylogénétique, cependant le groupe extérieur et le groupe d'étude sont mélangés.

Est-ce parce que les sequences choisies ont des e-valeur trop proches ?  

Ou dois-je choisir d'autres groupes ? das ce cas peut etre alpha en groupe d'étude et gamma et beta en groupe exterieurs ?

 Pouvez vous m'éclairer sur ce point 

Merci

(pardon je me suis trompée ce serait gamma en groupe d'étude et alpha et beta en groupe extérieur, mais cela n'est pas possible car le groupe extérieur doit former un groupe monophylétique.)

En effet le problème vient de fait que les Evaleurs sont assez proches pour le groupe d’étude et extérieur.

Il est difficile  vous donne une recette.

Ou dois-je choisir d'autres groupes ? das ce cas peut etre alpha en groupe d'étude et gamma et beta en groupe exterieurs ?
C’est une possibilité cohérente, mais je ne suis pas sûre que les groupes seront séparés.

(pardon je me suis trompée ce serait gamma en groupe d'étude et alpha et beta en groupe extérieur, mais cela n'est pas possible car le groupe extérieur doit former un groupe monophylétique.)
Non, si le groupe d’étude est le gamma, le groupe extérieur devrait être les bêta. Ceci n’est pas plausible, car vous ignorez les alpha qui ont des très bonnes Evaleurs.

Vous pouvez essayer d’élargir le groupe d’étude.

Bon travail,
Emese Meglecz

merci 

mais je peux prendre alpha en groupe d'étude alors que ce n'est pas celui qui a la plus grande e valeur ?

Est-ce un problème si l'ORF se trouve dans le groupe externe ?

j'ai réessayé en prenant le goupe gamma et beta en groupe d'étude , et le groupe alpha en groupe extérieur ; l'arbre est également mélangé.

et une énième fois en prenant tous les protéobacteria en groupe d'étude et tous les autres bacteria (autres que protéobactéria) en goupe exterieur, et pareil l'abre est toujours mélangé ( c'est celui que j'ai mis sur annothaton)

je n'arrive pas à savoir si je passe a coté de quelque chose ..mais je n'arrive pas à établir un arbre correct

re bonjour, 

je suis désolée pour les nombreux messages ...

J'ai réessayé en prenant pour groupe d'étude tous les protéobacterias et en groupe exterieur tous les autres bacteria (autre que protéobacterias).

Sur TAXREPORT,  j'ai fait attention de prendre des séquences avec des e-valeurs assez disctinctes entre le groupe d'étude et le groupe exterieur. Cela a fonctionné car mon arbre n'est plus mélangé et j'ai pu l'enraciner en ayant deux groupes distincts.

Cependant, comme on le voit sur l'arbre, j'ai une partie de mon groupe d'étude qui est plus extérieur que le groupe exterieur .

est ce que je dois rechoisir des séquences du groupe d'étude avec des e-valeurs encore plus distinctes ( inferieur a la grandeur 110) ?

ou c'est un problème d'enracinement ? 

Merci par avance

ou je peux simplement retirer les 4 sequences du groupe d'étude qui me pose problème

| BP1-E-value6e-109-Bacteria-Proteobacteria-NCF33506                                               
         +-+                                                                                                  
     +---+ 0.44PA1-E-value2e-108-Bacteria-Proteobacteria-Alphapr                                              
     |   |                                                                                                    
 +---+ 0.97+ BPG2-E-value5e-108-Bacteria-Proteobacteria-Gammapr                                               
 |   |                                                                                                        
 |   +-----+ BPG3-E-value9e-107-Bacteria-Proteobacteria-Gammapr                                               
 |                                                                                                            

au total j'aurai 16 sequences pour le groupe d'étude et 6 pour le groupe extérieur, cela suffit ?

Bonjour,

« Est-ce un problème si l'ORF se trouve dans le groupe externe ? »

Oui. Cela indique que le groupe d’étude n’est pas correctement défini.

Si je regarde uniquement votre arbre actuel, la vie est belle, il suffit de placer la racine correctement et c’est tout à fait possible.
Néanmoins, vous avez été trop désespéré pour bien séparer les groupes, et vous avez ignoré les classes des protéobactéries qui ont des Evaleurs relativement grandes et les phyla non-protéo qui ont des Evaleur relativement petites. Il faudra représenter la diversité des groupes d’étude et les groupes extérieur.

Avez-vous tenté de choisir l’ensemble des alpha, bêta et gamma, comme groupe d’étude ?
C’est une séquence difficile.

Courage,
Emese Meglecz

Merci pour votre retour

Oui j'ai déjà essayé avec alpha beta et gamma en groupe d'étude, c'est ce que j'avais fait au début et l'arbre était mélangé.

Comment je peux améliorer l'arbre actuel ? Par rapport aux 4 séquences qui posent problème

Merci