Bonjour, 

J'ai realise un arbre mais malheuresement j'ai plusieurs problemes avec celui-ci. 

Mon arbre est tres mal enracine et mon groupe d'etude ne se trouve pas d'un seul cote d'une branche. Je pense qu'il y a un probleme de choix de groupe d'etude et de groupe exterieur. Comme les e-valeurs etaient tres similaires entre les differents taxa j'ai choisi de prendre toutes les bacteries qui ne sont pas Bacteroidetes comme groupe exterieur et Bacteroidetes comme groupe d'etude, J'etais un peu hesitante pour la selection de sequences dans les deux groupes. Pour le groupe exterieur, j'ai privilegier les e-valeurs les plus elevees de chaque taxon car je trouvais la difference de e-valeurs pas assez importante. J'aurais bien choisi les Proteobacterie mais la encore un probleme de differences de e-valeurs... Je ne parviens donc pas a vraiment choisir un groupe exterieur qui permettrait de bien enraciner l'abre. Auriez-vous des elements supplementaires pour m'aiguiller vers la bonne direction ? Est-ce qu'il faut que je restreigne le groupe exterieur ? 

De plus, je vois que dans mon arbre les e-valeurs sont affichees avant le nom de l'espece. Comment puis-je remedier a ca ? 

Solene Assie

Bonjour Solène,

Je comprends vos difficultés et vous avez bien mis le doigt sur le problème. L’écart entre les Evaleurs des différents groupes est très faible ce qui rend à peu près impossible à déterminer le groupe d’étude.

En désespérance de cause, il y a une dernière possibilité :
Comme on ne peut pas séparer les différents groupes des bactéries par les Evaluer, on peut tenter de choisir les bactéries comme groupe d’étude. Quel sera le groupe extérieur dans ce cas ? Avez-vous une idée comment obtenir des séquences pour le groupe extérieur ? Dites-moi si vous avez besoin des indices supplémentaires.

Si cette solution ne marche pas, il faudra prendre une autre séquence :(

Désolée,
Emese Meglecz

Bonjour, 

Je vous remercie pour votre retour. 

Je pensais que le groupe exterieur pourrait etre les Archae. J'ai d'abord fait un BLASTx avec le code genetique standard, cela ne m'a pas donne d'autres hits.

Puis j'ai tente de faire un BLASTx avec le code genetique des bacteria et archae mais je n'ai obtenu que 6 hits Eukaryota (etrangement) avec des e-valeurs tres similaires a celles des bacteries. Je ne pense pas que cela puisse etre suffisant ou adapte pour constituer un groupe exterieur. Aurez-t'il une autre maniere pour trouver des sequences Eucaryotes ou Archees ? 

J'ai bien l'impression qu'il faille que j'essaye une autre sequence... 

Solene Assie

Bonjour Solène,

Le code génétique change un peu la traduction des séquences, mais pas beaucoup pour vraiment changer la majorité de vos hits. Vous trouverez les différents codes ici :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi

Par contre, vous pouvez limiter le BLAST à un groupe taxonomique en replissant le champ ‘organism’ du formulaire de BLAST. Utilisez la complétion automatique de ce champ pour sélectionner le nom Archaea avec son identifiant taxonomique (commencez à taper le nom dans le champ et les taxa commençant par ces lettres apparaissent dans un menu).

Bon travail,
Emese Meglecz