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Forum "Alignement multiple: CLUSTALW"

Thread subject: MSA de RdRp avec observation d'une très forte conservation des aa

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MSA de RdRp avec observation d'une très forte conservation des aa
antoinedewitte
17 Oct 2021 22:39
Non evaluated contribution

Monsieur Hingamp

 

Veuillez trouver le MSA de la RdRp avec curration Gblocks. je n'ai pas réussi à obtenir le format CLUSTAL. 

 

Cordialement

 

 
P_Hingamp_PGF21
18 Oct 2021 21:43
Game master

Exact, bien vu, il n'est pas possible d'obtenir le MSA au format "Clustal" en sortie de MAFFT sur "NGphylogeny.fr".

Pour le MSA des RdRp, ne collez donc dans l'annotathon que la sortie GBLOCKS, en ne conservant que les blocs de ce MSA qui correspondent à RdRp (éliminez les blocs en amont et en aval qui correspondent à d'autres peptides matures de ORF1ab.