Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: determiner la fonction de orf avec GO

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determiner la fonction de orf avec GO
johanna24
6 Aug 2021 0:15
Non evaluated contribution

Bonjour Mme Meglecz 

je suis a l'etape de goquick pour trouver la fonction aure je suis un peu perdu 

la sequence qui a le plus de hit est

ADP-ribosylglycohydrolase family protein

 avec 510 lines.

 

Le deuxieme plus eleve est hypotetical proteine (241) et le troisieme est Crystallin(173),or quand je cherche dans QuickGO le nom ADP-RIBO... le seul synonyme qui apparait est protein amino acid ADP-ribosylation.

Ce n'est donc pas coherent pour moi.

Faut t-il que je laisse tomber cette ORF et que je retrouve une nouvelle sequence ?Merci de voir aide 

 

ps: ne faite pas attention a la recherche orf je suis encore a l'etape du brouillon

Meglecz20CTES
10 Aug 2021 18:28
Game master

Bonjour Johanna,


Désolée pour ma réponse tardive. Je suis en vacances et je vérifie mes mails rarement.


L’incohérence apparente entre les deux types de fonctions n’est pas un problème. Cela rend le travail plus intéressant.
Essayez de trouver si possible le lien entre les deux fonctions. Vous ne devrez pas vous limiter à des ressources que j’ai données, mais vous pouvez faire une recherche plus large. (vive google) Vous pouvez également commencer la recherche par crystallin dans quickGO.


Ne restez pas bloquée sur une question. Vous pouvez faire toutes les autres analyses de la séquence et essayez de proposer une hypothèse qui explique vos résultats qui ne vous semblent pas logiques. Je voudrais voir si vous êtes capable d’affronter un cas réel qui n’est pas nécessairement simple.


Si tout va mal, vous pouvez tenter de trouver une séquence plus simple à analyser.


Bon travail,
Emese Meglecz