bonjour,

j'ai plusieurs questions: 

concernant la e-valeur seuil pour mon swiss port je n'ai pas bien compris pourquoi elle n'est pas bonne et comment alors choisir une meilleure valeure dans ce cas ?

vous m'avez écrit que vous ne voyez pas bien les alignements de swiss port , en faite je ne les avait pas mis. Maintenant est ce que je laisse tel quel pour NR ou je suprime quand même quelques unes, et si il faut suprimer je le fait a quel niveau exactement ?

Expliquez brièvement pourquoi vous avez classé 2 ORFs en faux positif, j'ai effectué les blast et je suis tombé sur 2 ORF faux positif maintenant je ne l'ai choisit pas car mon ORF a un grand alignement et beaucouo d'homolgues. Est ce que ce raisonnement suffit ?

"la sequence" ==> laquelle?  est ce qu'elle peut corespondre à celle de mon ORF ?

et une dernière question le fait que notre arbre n'est pas bien séparé ne peut pas nous prouver si notre ORF fait bien partie de notre groupe d'étude ou extérieur. Car en faite on peut avoir un gène inséré d'un autre groupe à l'autre ? 

merci pour votre aide 

léa

Bonjour Léa,

concernant la e-valeur seuil pour mon swiss port je n'ai pas bien compris pourquoi elle n'est pas bonne et comment alors choisir une meilleure valeure dans ce cas ?

>9.2 comme valeur seuil pour swissprot indique que tous les hits sont homologues et vous ne pouvez pas déterminer la valeur seuil. 9.2 est une valeur très élevée, et donc fort probable que vous ayez des non-homologues parmi les hits de Swissprot. Je ne peux pas être certains de cela, d’où vient l’importance de copier les données brutes dans Annotathon.

Vous m’avez écrit que vous ne voyez pas bien les alignements de swiss port , en faite je ne les avait pas mis. Maintenant est ce que je laisse tel quel pour NR ou je suprime quand même quelques unes, et si il faut  upprimer je le fait a quel niveau exactement ?

Copiez les résultats bruts comme demandé: Pour NR et Swissprot les tableaux des hits complets, et les premiers 10 alignements. Sinon, je ne peux pas savoir si votre travail est correct.

Expliquez brièvement pourquoi vous avez classé 2 ORFs en faux positif,
j'ai effectué les blast et je suis tombé sur 2 ORF faux positif maintenant je ne l'ai choisit pas car mon ORF a un grand alignement et beaucouo d'homolgues. Est ce que ce raisonnement suffit ?

Non. Je voudrais savoir pourquoi vous pensez que ce sont les faux positives.

"la sequence" ==> laquelle?  est ce qu'elle peut corespondre à celle de mon ORF ?

Voici votre phase complète : « Les regions conservées ne sont pas reparties sur tout l'alignement seulement de la position 85 à 360 car la sequence est  trop longue. » Vous parlez d’un alignement qui contient plusieurs séquences. Vous dites « la séquence ». Je ne peux savoir de quelle séquence vous parlez. Ne me demandez pas la réponse.

et une dernière question le fait que notre arbre n'est pas bien séparé ne peut pas nous prouver si notre ORF fait bien partie de notre groupe d'étude ou extérieur. Car en faite on peut avoir un gène inséré d'un autre groupe à l'autre ?

J’ai donné plusieurs pistes dans les vidéos, et dans les postes précédentes. Faites une recherche!

Bon courage,
Emese Meglecz