bonjour, la recherche d'ORF de ma troisième séquence ma donné un seul ORF. L'analyse avec le blast ne me donne que des homologues "cell division protein FtsA" avec des e-value de -35 à 0.
Lorsque je fais la recherche de domaine protéique avec Interpro/EBI celui-ci trouve 3 domaine protéiques:
cell division protein FtsA      5.6e-08       [199-253]
Q7NB80_MYCGA_Q7NB80;            0.0003        [25-273]
Actin-like ATPase domain        2.7e-10       [191-283]  
Le domaine ayant la meilleure e-value es aussi le plus grand mais est un domaine actin-like ATPase... Comment choisir dans ce cas?
Merci par avance...

Bonjour,

là, nous entrons dans une subtilité d'Interpro dont nous n'avons pas parlé; en fait, toutes les fiches Interpro ne décrivent pas des domaines à proprement parler; certaines décrivent des sites (glycosilation, ...), d'autres des "familles" de protéines. La distinction est subtile, mais une famille de protéine peut partager plusieurs domaines.
Le premier "domaine" dont vous parler (cell division protein FTsA IPR003494) est une fait une famille de protéines (regardez la ligne "type" dans la fiche). Le dernier "actin-like..." est vraisemblablement un vrai domaine ("type: domain"). Donc c'est celui là que je vous conseille de reporter dans la fiche d'annotation.

Carl