Bonjour à tous
nous avons une séquence avec de très bons scores pour tout les organismes vivants.
200 pour les bactéries, les archaés, les eucaryotes et les virus...
on prend quoi comme groupe d'étude??
et comme groupe extérieur j'hésite entre de la terre, un marsien ou un schtroumps...
à moins que cela soit Chuck Noris

Bonsoir,

Procédez par élimination et soyez logique. Le groupe extérieur se définit après le groupe d'étude. Si votre groupe d'étude est constitué des archaea, bactéries, eucaryotes et virus, et que vous ne pouvez pas définir de groupe extérieur, alors vous n'en définissez pas et vous travaillez sur un arbre non raciné.
Si l'arbre obtenu est parfaitement cohérent avec la phylogénie des espèces (cad séparation des trois domaines du vivant et relations de parenté entre les phylums à l'intérieur des domaines) est parfaitement cohérente avec les phylogénies de référence qu'on vous a donné, et que votre séquence sort bien nichée dans l'un des trois domaines, alors refaites une analyse phylogénétique en utilisant comme groupe d'étude le domaine dans lequel émerge votre séquence et comme groupe extérieur les deux autres domaines. Dans ce cas, vous enrichissez le groupe d'étude avec de nouveaux représentants et en réduisant le nombre de séquences dans le groupe extérieur.

Céline Brochier

Madame,Monsieur

Pour notre 3ème séquence, nous avons choisi en groupe d'étude : Flavobactériales et en groupe extérieur: Bactériodales. Ces 2 groupes appartiennent aux Bacteriodetes. Je voulais savoir si notre choix était correct. Notre rapport taxonomique ne nous donne que des CFB et 1 firmicutes, 2 bactérie gram+. C'est pour cela que nous avons choisi un groupe extérieur parmi les CFB.

Cordialement,
Mercati Sophie (Binôme Emiso)

Moi aussi , je suis dans un cas assez similaire pour ma 3eme séquences .... si le différentiel de scores est assez conséquent entre les deux , le choix serait tout à fait justifier. En effet , il respecte la phylogénie de référence.
Par contre , les CFB, comme leur nom l'indique , sont composés de 3 sous divisions ;
soit sur que t'as séquence se niche bien dans ton groupe d'étude (parce que tu parles de F et de B mais pas de C).

Macchi magali (Binome magorne)

Je n'ai trouvé que 2 C avec de mauvais scores. Donc je ne sais pas si j'aurai du les intégrer dans mon arbre.

Mercati Sophie

à ce moment là , je pense que ton choix est bon !!
Moi ,j'ai pris les memes GE et Gext alors que j' ai des homologues pour un tas d'autes séquences notament les green sulfur (juste derriere dans le phylum !!)
Le truc , c'est qu' on hésite trop à mettre des séquences en Gext avec de tres bon scores ou tres tot dans le rapport taxonomique , alors que c'est une chance  !!!

Ok. Oui, moi (malheureusement) je n'ai pas de green sulfur, c'est pour cela que j'ai fait ces choix. Personnellement, je pense que si vous en avez il faut les mettre.
En tout cas, merci pour votre réponse et bon courage pour la suite ( il ne reste plus bcp de tps! )

Mercati Sophie

Est ce que tu as des domaines protéiques concervés ??
Parce que mon BLAST me donne des fonctions " Hypothetical protéine" .. pas tes instructifs
Et mes domaines sont DUF58 et VWA ... mais les fiches ne me donnent pas plus d'info !!
j' ai trouvé que ça dans la fiche de la fiche .... que je ne peux pas du tous confirmer pour tous les homologues que j'ai trouvé : fonction putative ligase s' inscrivant dans un processus de biosynthèse des chlorophylles ATP
et Nucléotides dépendantes

Tu as quelques chose de similaire ???


Magali

Emiso écrit: "Pour notre 3ème séquence, nous avons choisi en groupe d'étude : Flavobactériales et en groupe extérieur: Bactériodales."

Vu que vous n'avez pas ouvert un nouveau fil à partir du formulaire en haut de votre séquence, on ne peut pas voir vos résultats... Toutefois votre proposition Gétude=flavo et Gext=Bactéroidetes semble correcte dans le principe.

J'ai un seul domaine (botulinum neurotoxin) mais ma E value est de 0.002 donc pas très significative.
2 de mes fiches me donnent : biosynthèse de la vitamine B12 et ATPase impliquée dans la réparation de l'ADN.
Du coup il m'est difficle de conclure.
Je pense que donc votre cas est très différent du mien sur ce point.
Dsl.

Mercati Sophie

OK , merci ....
Bon courage pour ta séquences !!

Magali