Bonjour sur l'arbre  le groupe d'étude ( alpha protéobactérie ) est mélangé avec le groupe exterieur ( gamma et béta ) en plus il ya très peu de gamma et béta protéobactérie ( groupe exterieur ) et beaucoup  alpha ( groupe d'étude ) ; est ce que c'est normal ? , cordialement 

En plus je n'arrive pas à l'enraciner , cordialement

Bonjour Amina,

Il n’est pas possible de séparer le groupe d’étude et extérieur dans votre arbre.
Votre observation qu’il y a bien plus d’alphaprotéobactérie est fort pertinente. En plus la gamme d’e-valeur est assez réduite parmi tous vos hits. Vous avez utilisé NR ou Refseq ? Ce n’est pas clair de votre protocole pourtant très important pour comprendre vos résultats.

Cordialement,
Emese Meglecz

Bonjour , j'ai utilisé NR , cordialement

Vérifiez l’annotation des séquences de Rickettsiales et Micropepsales avec les meilleurs e-valeurs.

Peut-on faire confiance à ces annotations ? Sinon, il y a peut-être moyen de rétrécir le groupe d’étude.

https://amupod.univ-amu.fr/video/2518-detection-des-erreurs-possibles-dans-les-bases-de-donnees/

Bonjour , je n'ai pas compris pourquoi on fait pas confiance ils ont des evaleurs très petites ? cordialement

Bonjour Amina,

L’e-valeur indique qu’il y a une similarité très significative entre des séquences, mais ne dit rien sur l’annotation des séquences de BDD. Si l’origine taxonomique d’une séquence dans la BDD est erronée, cela a des implications directes sur vos analyses. Hélas, ce type d’erreur n’est pas très rare, surtout pour les séquences issues des projets métagénomiques.

Bon travail,
Emese Meglecz