bonjour, j'ai un petit souci avec ma deuxième sequence etant donner que que nous avons que des metagenome marin  dans notre arbre nous ne pouvons pas determiner les paralogues et/ou orthologues, non?

Si vous n'avez que des fragments de génome qui proviennent de l'environnement (et donc d'organismes non clairement identifiés), vous ne pouvez pas déterminer les événements de spéciation et de duplication et donc vous ne pouvez pas déterminer quels sont les orthologues et les paralogues. De la même façon vous ne pouvez raisonner que sur un arbre phylogénétique non raciné. Ceci implique que vous ne pouvez pas raisonner en terme de relations de parenté entre les séquences. Vous pouvez uniquement raisonner en terme de distances évolutives (sur un arbre obtenu par NJ où les longueurs de branches ont un sens).
Cordialement,
Céline Brochier