Bonsoir,

 

J'ai fais mon arbre, et voici le résultat :

 

groupe d'étude: Deltaproteobacteria , Alphaproteobacteria , Betaproteobacteria , Gammaproteobacteria

Groupe extérieur: Planctomycetes , Chloroflexi , Armatimonadetes , Cyanobacteria , Bacteroidetes , Gemmatimonadetes , Firmicutes , Actinobacteria , Synergistetes

 

 

 

 

              | BPDS1-Bacteria-Proteobacteria-Deltaproteobacteria-SAR324-cluster                           
               +-+ 0.893000                                                                                   
      +--------+ 1.000000acteria-Proteobacteria-Deltaproteobacteria-E-value0.0-Bac                            
      |        |                                                                                              
   +--+ 0.901000---+ OMRGCv2-9717070-Traduction-3-1139-sens-indirect                                          
   |  |                                                                                                       
   |  +-----------+ BPG1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-E-value8e-149                            
   |                                                                                                          
 +-+ 0.928000 ++ BPAHRK2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                             
 | |      +---+ 0.991000                                                                                      
 | |  +---+ 0.776000HRK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                             
 | |  |   |                                                                                                   
 | |  |   +---+ BPAHPM1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                              
 | +--+ 0.901000                                                                                              
 |    |         ++ BPBBBP2-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial                           
=|    +---------+ 1.000000                                                                                    
 |              +-+ BPBBBP1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial                          
 |                                                                                                            
 | +---------------------+ BPPPPP1-Bacteria-Planctomycetes-Planctomycetia-Pirellulales-Pire                   
 | |                                                                                                          
 | |  +-----------+ BCCCCC1-Bacteria-Chloroflexi-Caldilineae-Caldilineales-Caldiline                          
 +-+ 0.238000                                                                                                 
   |  |      +---------------+ BAAAAA1-Bacteria-Armatimonadetes-Armatimonadia-Armatimonadales-A               
   |  | +----+ 0.898000                                                                                       
   +--+ 0.258000-------+ BCNCC1-Bacteria-Cyanobacteria-Nostocales-Calotrichaceae-Calothri                     
      | |                                                                                                     
      | |             +--------+ BPPPLL1-Bacteria-Planctomycetes-Planctomycetia-Pirellulales-Laci             
      | |           +-+ 0.058000                                                                              
      +-+ 0.899000--+ 0.996000----+ BBBRu1-Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidetes-Order-II.-Incertae-s          
        |   |       |                                                                                         
        |   |       +-------------+ BGGGG1-Bacteria-Gemmatimonadetes-Gemmatimonadales-Gemmatimonadac          
        |   |                                                                                                 
        |   |                      +--------+ BFBBBC1-Bacteria-Firmicutes-Bacilli-Bacillales-Bacillaceae-Cytob
        +---+ 0.252000   +---------+ 0.988000                                                                 
            | +----------+ 0.994000+-------+ BBCCHR1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Hymenobac 
            | |          |                                                                                    
            | |          +-----------+ BARRRu1-Bacteria-Actinobacteria-Rubrobacteria-Rubrobacterales-Ru       
            +-+ 0.782000                                                                                      
              | +-------------------+ BCSLPu1-Bacteria-Cyanobacteria-Synechococcales-Leptolyngbyaceae         
              | |                                                                                             
              +-+ 0.904000---------+ BFCCCS1-Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Clostridial         
                |   |                                                                                         
                +---+ 0.997000 +-------+ BBCCFu1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Flammeovi     
                    |          |                                                                              
                    +----------+ 0.926000+ BSSS1-Bacteria-Synergistetes-Synergistia-Synergistales-E-value4    
                               +---+                                                                          
                                   +-----+ BSSSST1-Bacteria-Synergistetes-Synergistia-Synergistales-Synergi   
                                                                                                              
 |------|------|------|-------|------|------|                                                                 
 0    0.2    0.4    0.6     0.8      1    1.2                                                                 
 substitutions/site       

 

 

Puis-je dire que l'ORF fais parti des Deltaproteobacteria ? Je trouve qu'on voit bien la séparation entre les classes des Porteobacteria.

 

Merci

Cordialement 

 

Je me souviens avoir vu une vidéo ou un passage dans la doc d'Annotathon qui disait que si ton ORF est à la racine d'un groupe, tu ne peux pas le placer dans ce groupe. Car c'est à la limite. Essaie de retrouver l'info. Peut-être que tu peux juste formuler ta proposition sous forme d'hypothèse ?

Je pense que tu parles de la vidéo "enracinement et interprétation de l'arbre" dans les suppléments de cours de bioinformatique.

Je l'ai vu, mais il me semble que la professeure a dit dans la vidéo que si nous voyons bien la séparations entre les classes, ma théorie serait correct. 

 

Ah d'accord, alors je suis curieuse aussi de la réponse.

Bonjour Sarah,

Sur base de cet arbre, on peut voir que l’ORF est proche de Delta. L’ORF peut être un delta, mais il peut également appartenir au groupe frère de delta. Si vous voulez être plus précise dans l’assignation taxonomique de cette séquence, il faudrait ajouter des séquences de proteobacteria supplémentaires.

Bon travail,
Emese Meglecz

 

Bonjour,

 

D'accord, je vous remercie.

 

Cordialement