j'ai choisi une séquence en faisant une recherche rapide d'homologues. je trouve 87% id max. maintenat en lançant blast pour chaque ORF, je trouve pour les deux derniers ORF : 87% (tout va bien) et pour le dernier 99% ! comment se fait-il, k'

je n'ai pas fini mon message.... comment se fait-il que sachant que j'ai lancé les blast pour les deux brins , je trouve un pourcentage d'id max plus grand dans un des oRFs. est-ce que je peux quand même garder ma sequence?

merci

Je ne sais pas, mais une explication que je pourrais imaginer est que les résultats de Blast sont classés par défaut par score (E-valeur) et non par % d'identité, donc si tu as plusieurs ORF, le plus haut % d'identité n'apparait pas forcément au sommet de tes résultats.

Cela dit, je n'ai vu que 2 ORFs known dans ta séquence, pas trois, donc je n'ai pas croisé ton ORF à 99%. (Es-tu sûre qu'il ne s'agit pas plutôt de la query cover ?)

Bonjour Rachel et Anaïs,

« …les résultats de Blast sont classés par défaut par score (E-valeur) et non par % d'identité, donc si tu as plusieurs ORF, le plus haut % d'identité n'apparait pas forcément au sommet de tes résultats. »

Oui, c’est ça.

L’Evaleur est le reflet de la similarité entre les séquences ET la longueur de l’alignement.
Un alignement court avec un % identité très élevé peut avoir un Evaleur plus élevé  qu'un alignement  long avec %identité moins important.

Bon travail
Emese Meglecz

merci beaucoup pour vos réponses! 

en effet Anaïs, j'ai du confondre puisque je ne l'ai pas retrouvée!