bioinfodj
22 Nov 2008 17:54
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bonjour,
on a un problème avec notre arbre: suivant les sequences que l'on met,notre sequence change de groupe.
Quand on prend en groupe d'etude les bacteries et en groupe exterieur les non-bactéries, on trouve que notre sequence est apparenté au e-proteobacterie.
On a donc ajouté des e-proteobacterie pour etre certain que s'en est une.
On trouve alors un arbre complètement différent dans lequel notre sequence est apparenté au spirochètes. Nous avons donc rajouter des spirochetes et la on obtient un arbre qui n'a aucun sens. Ou est notre erreur si il y en a une?
+---------------Peptostreptococcus_micros_{fir}
+-25
! +---------------Bacillus1
!
+-26 +-------Chain_A__Crystal_Structure_Of_
! ! +--3
! ! ! ! +------Bacillus2
! +------------6 +-2
! ! +----Bacillus3
! !
! +-----Listeria_welshimeri_{firmicute}
!
! +---------------Treponema_denticola
+-27 +-----11
! ! +-23 +---------------Borrelia_turicatae
! ! ! !
! ! +-29 +------------------------Desulfotalea_psychrophila
! ! ! !
! ! ! +----------------------Prochlorococcus2_marinus
! ! !
! ! ! +-----------------Mariprofundus_ferrooxydans
! ! ! +-22
! ! ! ! +-------------------Candidatus1_Ruthia_magnifica
! +-30 +-28
! ! ! ! +-----------------Methylophilales_bacterium
! ! ! ! +-18
! ! ! +---19 +--------------Rickettsiella_grylli
! ! ! !
! ! ! +--------------Nitrosospira_multiformis
! ! !
! +-32 +----------------------------------------Translation
! ! +------10
! ! ! +----------------------Candidatus_Pelagibacter_{a-pro}
! ! +--21
! ! ! ! +-------Campylobacter1_hominis
! ! ! +--------------1
! ! ! +----------------Campylobacter2_jejuni
! +-31
! ! +-------------------Geobacter
! ! !
! ! ! +--------Orientia_tsutsugamushi_{a-prot}
! ! ! +-16
! +--20 ! +-------------Rickettsia_typhi_{a-proteobact}
! ! !
! ! ! +---------alpha_proteobacterium_{a-prote}
! ! ! +----------5
! +----17 ! ! +-Roseobacter_sp_{a-proteobacter}
! ! ! +-4
! ! ! +-----Phaeobacter_gallaeciensis_{a-p}
! ! !
! ! ! +--------------Novosphingobium_aromaticivoran
! +-15 !
! ! +-13 +------------Brucella_suis_{a-proteobacteri}
! ! ! ! +-7
! ! ! ! ! +---Bradyrhizobium_japonicum_{a-pr}
! ! ! +---9
! +-14 ! +--Rhodopseudomonas_palustris_{a-}
! ! +-8
! ! +---Nitrobacter_hamburgensis_{a-pr}
! !
! ! +------------Parvularcula_bermudensis_{a-pr}
! +-12
! +-------------Brevundimonas_sp_{a-proteobact}
!
24---------------------Physcomitrella_patens
!
+-------------------Methanosarcina_barkeri_str._Fu
arbre
+--------------------------------------------------------------------------------------------------Methanosarcina_barkeri_str._Fusaro_{euryarchaeotes}
|
| +--Bacillus1_subtilis_{firmicutes}_
| +----------------------------------17
| | +--Physcomitrella_patens_{mosses}
| |
| | +--------Listeria_welshimeri_{firmicutes}
| | |
| | +----------------------15 +--Bacillus3_coagulans_{firmicutes}
| +--------------------------------------------------------3 | | +-16
| | | | +-14 +--Bacillus2_anthracis_{firmicutes}_
18 | | | |
| | | | +-----Chain_A__Crystal_Structure_Of_S._Aureus_Murb_{firmicutes}
| | | |
| | | | +-----------------Methylophilales_bacterium_{b-proteobacteria}
| | +----13 |
| | | | +--Borrelia2_turicatae {spirochetes}
| | | +-31 +-11
| | | | | +-------10 +--Borrelia_turicatae_{spirochetes}
| | | | | | |
| | | | +--9 +-----Treponema_denticola_{spirochetes}
| | | | |
| | +-----------8 | +-----Rickettsiella_grylli_{g-proteobacteria}
+--1 | +-------32
| | | +--Nitrosospira_multiformis_{b-proteobacteria}
| | +-33
| | +--Desulfotalea_psychrophila_{d-proteobacteria}
| |
| +--------------------Leptospira_interrogans {spirochetes}
|
| +-----------------------------------------------------Peptostreptococcus_micros_{firmicutes}
| |
| | +-----Campylobacter3_jejuni_subsp._jejuni_260.94}_e-proteobacteri
| | +--7
| | | | +--Campylobacter2_jejuni_e-proteobacteria
| | +-----------------------------------------5 +--6
| | | | +--Campylobacter4_jejuni_subsp._doylei_269.97}e-proteobacteria
+----------------------------------------12 | |
| | +--------Campylobacter1_hominis_e-proteobacteria
| |
| | +--------------------------Mariprofundus_ferrooxydans_{proteobacteria}_
| | |
| | | +--------------------Novosphingobium_aromaticivorans_{a-proteobacteria}
| | | |
+--4 | | +--Nitrobacter_hamburgensis_{a-proteobacteria}
| | | +-29
| +----------21 +-24 +----28 +--Rhodopseudomonas_palustris_{a-proteobacteria}
| | | | | | |
| | | | | +----27 +-----Brucella_suis_{a-proteobacteria}
| | | | | | |
| | | | | | | +--Brevundimonas_sp_{a-proteobacteria}
| | | | +-25 +-------26
| | +-22 | +--Parvularcula_bermudensis_{a-proteobacteria}
| | | |
+----------20 | | +--Phaeobacter_gallaeciensis_{a-proteobacteria}
| | +-------------23
| | +--Roseobacter_sp_{a-proteobacteria}
| |
| +-----------------------Geobacter_{d-proteobacteria}
|
| +--Candidatus_Ruthia_magnifica_{g-proteobacteria}
| +----30
| | +--Prochlorococcus1_marinus_subsp._pastoris_{cyanobacteria}
+----------------------------19
| +--Candidatus_Pelagibacter_{a-proteobacteria}
+-----2
+--gos
autre arbre
+------Nitrobacter_hamburgensis_{a-proteobacteria}
+--1.0-|
+--1.0-| +------Rhodopseudomonas_palustris_{a-proteobacteria}
| |
+--1.0-| +-------------Brucella_suis_{a-proteobacteria}
| |
| | +------Parvularcula_bermudensis_{a-proteobacteria}
+--0.8-| +---------1.0-|
| | +------Brevundimonas_sp_{a-proteobacteria}
| |
+--1.0-| | +------Phaeobacter_gallaeciensis_{a-proteobacteria}
| | +----------------1.0-|
| | +------Roseobacter_sp_{a-proteobacteria}
| |
| +----------------------------------Novosphingobium_aromaticivorans_{a-proteobacteria}
|
+--1.0-| +--------------------Methylophilales_bacterium_{b-proteobacteria}
| | |
| | +--1.0-| +------Nitrosospira_multiformis_{b-proteobacteria}
| | | | +--1.0-|
| | | +--1.0-| +------Desulfotalea_psychrophila_{d-proteobacteria}
| | +--1.0-| |
| | | | +-------------Rickettsiella_grylli_{g-proteobacteria}
| +--1.0-| |
+--1.0-| | +---------------------------Candidatus_Ruthia_magnifica_{g-proteobacteria}
| | |
| | +----------------------------------Mariprofundus_ferrooxydans_{proteobacteria}_
| |
| | +-------------Campylobacter3_jejuni_subsp._jejuni_260.94}_e-proteobacteri
| | +--1.0-|
| | | | +------Campylobacter2_jejuni_e-proteobacteria
+--0.8-| | +--1.0-| +--1.0-|
| | | | | +------Campylobacter4_jejuni_subsp._doylei_269.97}e-proteobacteria
| | +----------------1.0-| |
| | | +--------------------Campylobacter1_hominis_e-proteobacteria
+--0.6-| | |
| | | +---------------------------Geobacter_{d-proteobacteria}
| | |
| | +-------------------------------------------------------Physcomitrella_patens_{mosses}
| |
| +--------------------------------------------------------------Bacillus1_subtilis_{firmicutes}_
+--0.6-|
| | +------Treponema_denticola_{spirochetes}
| | +--1.0-|
| | | +------Borrelia_turicatae_{spirochetes}
| | +--1.0-|
| | | | +------Candidatus_Pelagibacter_{a-proteobacteria}
| +--------------------------------------------1.0-| +--1.0-|
| | +------gos
+------| |
| | +--------------------Prochlorococcus1_marinus_subsp._pastoris_{cyanobacteria}
| |
| | +--------------------Listeria_welshimeri_{firmicutes}
| | |
| | +--1.0-| +------Bacillus3_coagulans_{firmicutes}
| | | | +--1.0-|
| | | +--1.0-| +------Bacillus2_anthracis_{firmicutes}_
| +--------------------------------------------0.8-| |
| | +-------------Chain_A__Crystal_Structure_Of_S._Aureus_Murb_{firmicutes}
| |
| +---------------------------Peptostreptococcus_micros_{firmicutes}
|
+-----------------------------------------------------------------------------------Methanosarcina_barkeri_str._Fusaro_{euryarchaeotes}
|
Brochier_BC08
23 Nov 2008 14:41
Game master |
Bonjour,
Avant tout un rappel. Un arbre phylogénétique reflète l'information contenue dans vos données (i.e. les séquences que vous avez alignées).
De plus les méthodes que vous utilisez, ont chacune leurs spécificités, leurs forces et leurs faiblesses. Ce qui veut dire que dans certaines situations, une méthode sera plus adaptée que d'autres.
Si lorsque vous changez de méthode ou les séquences que vous utilisez pour la phylogénie, de deux choses l'une:
- Vous n'avez pas de différences majeures, cela signifie que vos données (quelques soient les séquences choisies) contiennent beaucoup d'information pour répondre à la question posée. Vous pouvez donc avoir confiance en ce que vous observez dans les arbres (confiance = ce que vous observez est bien de reflet de l'information contenue dans vos données)
- Vous avez des différences majeures, ce qui signifie que vos séquences contiennent peu d'information pour répondre à la question posée. En général, dans ces cas là, au niveau de l'alignement multiple vous aurez peu de résidus très conservés.
Si les différences apparaissent en fonction des méthodes => regardez laquelle des méthodes donnes le résultats le plus fiable (se référer aux poly par exemple pour voir si les arbres sont en accords avec la phylogénie de reference). Mais dans tous les cas vous devrez être prudents sur les conclusions.
Les différences apparaissent lors de changements d'échantillonnage de séquences, ce qui semble être au moins en partie votre cas. Alors, vérifiez que
Vous commencez par une analyse à grande échelle qui vous donne un positionnement que vous affinez ensuite en enrichissant l'échantillonnage taxonomique. Si les résultats sont différents dans les deux cas, alors c'est que vos séquences ne contiennent pas assez d'information pour positionner vos séquences de manière fiable. Vérifiez néanmoins que les séquences ajoutées sont bien des homologues et de bonne qualité (regardez comment évolue le nombre de résidus conservés au niveau de l'alignement multiple). Si malgré toutes vos précautions, les phylogénies continuent d'être contradictoires, alors c'est que vous ne pouvez pas conclure de manière fine quant à la position phylogénétique de vos séquences.
Un dernier point général, vous pouvez juger une phylogénie par rapport à une autre, en les comparant à la phylogénie de référence. Dans une majorité de cas, celle qui sera la plus proche de celle de référence sera la plus fiable et celle sur laquelle vous devrez vous appuyer de manière préférentielle.
Cordialement,
Céline Brochier |