Bonjour,

Je suis confuse quand aux résultats que j'obtiens.

Avec NR, j'ai plus de 5000 résultats et mon homologue le plus grand à 68.54% d'identité et le premier résultat de GO indique "binding", ce qui voudrait dire que le glucose dehydrogenase est un site de fixation ?

Avec Swissprot, je n'obtions plus de 4 résultats dont le premier résultat se nomme "Uncharacterized protein slr1608" homologue à 35% d'identité se qui me fait douter de la pertinence de son utilisation mais le premier GO est : GO0030288 qui est donc cohérent avec NR et le second : GO0016491 qui indique seulement une activité redox.

Je me sens un peu perdu face à ses informations, dois-je changer de séquence à annoter (l'homologie étant à 68%) ? Mes résultats sont-ils suffisamment précis et cohérents ?

Bonjour,

La recherche dans QuickGO n’est pas très simple. Comment avez-vous trouvé GO:0016491 ?

Dans QuickGO la recherche est par mot de clé. Donc si vous faites une recherche avec le terme 'PQQ-dependent sugar dehydrogenase', vous pouvez tomber sur les GO contenant de terme PQQ ou à d’autres GOs associés au terme ‘sugar dehydrogenase’. À vous de faire le tri ce qui est plus pertinent.

En effet, 35% identité (attention, on ne parle pas de % d’homologie) est faible, et il est plus sage de se baser sur les annotations dans NR dans votre cas.

N’abandonnez pas cette séquence. Le ‘sugar dehydrogenase’ est un terme clairement récurrent parmi les homologues BLAST. Ceci vous donne une bonne base.

Cordialement,
Emese Meglecz

D'accord merci, j'ai trouver Go:0016491 en cliquant sur l'accession de "uncharacterized protein slr1608" dans swissprot, juste après le premier GO: 0030288.

Bonne journée.