Bonjour Hope,
Les meilleurs hits sont des gammaproteobacteria qui proviennent d’un sous-groupe non déterminé de gamma. Ceci vous empêche de spécifier un groupe taxonomique bien défini, mais plus restreint (un sous-groupe de gamma).
D’autre part, la gamme d'E-valeur des autres gammas est très similaire à ceux des autres proteobacteria non-gamma, ce qui vous empêche de séparer des gammas et des autres classes de proteobacteria.
Ces problèmes viennent partiellement de fait que l’ORF est courte et assez variable. Ceci vous laisse très peu de positions (72) pour la construction de l’arbre phylogénétique.
Je vous conseille de tenter une autre séquence. Si vous êtes vraiment coincée dans le temps, vous pouvez continuer avec cette séquence, en choisissant une famille non déterminée des gamma, comme groupe d’étude, mais ceci vous pénalise un peu, car vous ne pouvez pas nommer cette famille.
Bon courage,
Emese Meglecz