Bonjour, je me demandais comment on calcule le seuil d'e-valeur.

Dans la video, vous prenez le max e-value a chaque fois vue que la valeur est tres faible.

Dans mon cas j'obtiens des valeurs proche du seuil de 10.

Comment derterminer le seuil dans ce cas la?

Je vous remercie d'avance.

Cordialement.

Benjamin AMMOUIAL.

Bonjour Benjamin,

Le but de déterminer une valeur seuil est d’éviter à choisir les séquences non homologues pour la suite des analyses. Il faut donc être plutôt prudent, et choisir une valeur qui sépare des séquences qui sont clairement homologues des séquences où on a des doutes.

Jusqu’au une valeur 1e-10, 1e-20, l’Evaleur est assez convaincante et on peut conclure que les séquences sont les homologues (ou moins la région alignée). Il faut donc descendre dans la liste des fonctions à partir de ces valeurs (les Evaleurs augmentent) jusqu’au trouvé la première fonction qui est clairement différente des fonctions précédentes. Ça sera le seuil. En dessous de cette valeur, toutes les séquences sont homologues. Au-dessus, on peut avoir les non-homologues.

Pour les analyses phylogénétiques, toutes les séquences choisies doivent avoir une Evaleur plus faible que ce seuil.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour,le seuil e-valeur concerne la e-valeur max seulement ou bien la e-valeur min aussi?

(dans le tableau 4 dans taxonomy report.)

Cordialement.

Benjamin AMMOUIAL

Bonjour Benjamin,

Que le max.

Pour le TaxReport, on a des gammes des E-valeurs, mais ils ne sont pas de seuils.

Bon travail,
Emese Meglecz