Bonjour, je suis entrain de determiner mon groupe d'etude, le probleme, c'est que le taxon de l'e-valeur minimum n'a pas d'ordre.

Comment faire dans ce cas la?

Dans la video la situation etait differente, donc je ne suis pas sur de comment cree mon groupe d'etude par rapport a l'ordre.

Me conseillerez vous de ne pas me focaliser sur l'ordre?

Merci de vos reponses.

Cordialement.

benjamin Ammouial.

Bonjour Benjamin,

Je pense qu’il s’agit un simple d’erreur d’affichage. Vous avez probablement copié vos résultats dans un tableur où la colonne n’était pas assez large, et la valeur 3e-119 est mal affichée. Ceci se voit clairement dans les résultats bruts.

Attention, le meilleur hit est 99% identique à l’ORF. Selon les règles du jeu (http://annotathon.org/?actionjs=rules#blast ), vous ne pouvez pas travailler avec cette séquence.

Cordialement,
Emese Meglecz

bonjour, je ne parlais pas de la e-valeur mais du nom de taxa dans la partie classification, ou l'on voit bacteria, proteobacteria, gammaproteobacteria et puis il n'y a pas d'ordre.

Vu que c'est ma e-valeur la plus eleve je me demandais comment faire pour classifier les groupes.

Merci de m'avoir prevenue, je vais donc chamger de sequence.

Cordialement.

benjamin AMMOUIAL

Bonjour Benjamin,

Autant pour moi, je comprends maintenant votre question.

Le groupe d’étude peut être une classe, un phylum ou tout autre taxa. Vous n’êtes pas obligé à choisir un ordre comme groupe d’étude.

Par exemple, pour cette séquence, la classe de Gammaproteobacteria me semble un bon choix : Les meilleurs Evaleurs des gammas sont à l’ordre de grandeur de 1e-104. Le groupe extérieur des gammas est les beta (voir FAQ) qui ont des Evaleurs nettement moins bonnes (1e-45).

Bon travail,
Emese Meglecz