Bonjour,

J'analyse une protéines qui fait vraisemblablement partie d'une famille de transporteurs transmembranaires. Or, j'ai 12 hits fiables qui lui attribuent la fonction "RNA polymerase subunit sigma 54". Lorsque je regarde ces alignements, je vois le texte "see 1 more title(s)" sur lequel je peux cliquer et qui me donne une autre description :

Qu'est-ce que cela signifie, que ces deux descriptions contradictoires sont associées à une seule et même séquence ?

(Pour information, dans mon cas, je pense partir du principe que ces 12 hits indiquant une RNA pol sigma 54 sont une erreur dans la base de données, notamment car ils proviennent tous de la même étude métagénomique et que j'ai trouvé des contradictions dans leurs descriptions)

Bonjour Anaïs,

Vous avez tout bien compris !

La même séquence apparait sous différents identifiants dans le BDD et de plus annotée différemment.

Il y a beaucoup de séquences qui sortent des projets métagénomique qui sont annotés automatiquement (sans contrôle humain) et même si le taux d’erreur des annotations est faible, ça finit par poser un problème dans les BDD. Récemment on a commencé à utiliser les mots de clé ENV pour les séquences métagénomique, pour pouvoir détecter plus facilement les vrais et le faux.

Éventuellement vous pouvez utiliser le BDD refseq_protein où ce type d’erreur est moins fréquente au pris d’avoir une gamme taxonomique de séquences moins large.

Cordialement,
Emese Meglecz