Bonsoir, notre dernière modification a écraser notre conclusion donc celle-ci n'apparait pas nous nous la copions donc avec regret en vous présentant nos excuses. Il s'agit donc du fragment que nous souhaitons faire évaluer. Merci de votre compréhension,

Cordialement 

Conclusion;

Le projet Tara Oceans a pour but de déterminer si les fragments récupérés sont codants ou non et de déterminer sa fonction biologique ainsi que son appartenance taxonomique probable. 

Le fragment d’ADN OMRGCv2_9139070.45 de 1178 paires de bases, ici, est issu de l’Océan Atlantique. La recherche d’ORFs par SMS a détecté 6 ORFs dont deux sont connues situés sur le brin indirect. L’ORF 6 sélectionnée de 828 pb et 276 acides aminés, est complète en C-ter et tronquée en N-ter de 398 acides aminés.  

L’analyse par InterProScan a permis de retenir le domaine IPR012947 correspondant à la Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD, positionné à la 169 et 219ème acides aminés. Son e-value étant significative que les autres domaines observés. Sa fonction biologique est l’aminoacylation de l’ARNt dont la fonction moléculaire ait exercé par une thréonine—ARNt ligase, dans la biosynthèse des protéines située dans le cytoplasme. Les GO terms sera alors GO:0006412 qui correspond à la biosynthèse protéique pour la fonction biologique et GO:0016874 pour la fonction moléculaire qui correspond à l’activité ligase de la protéine. 

Les alignements homologues identifiés comme étant des thréonine—ARNt ligase (ou synthétase) sur BLAST contre NR (4980 alignements) et Swissprot (532 alignements) renforcent l’hypothèse que la thréonine—ARNt ligase soit la fonction protéique, avec une petite e-value de 1e-165 sur NR et 5e-158 sur Swissprot. 

Deux groupes ont été sélectionnés à partir du rapport taxonomique, les Pelagibacterales comme groupe d’étude, avec la plus petite e-value (1e-165) et le groupe extérieur composé de Rhodospirillales, Rhizobiales, Rhodobacterales et Caulobacterales. 

L'ORF possède 50% des régions conservées dans l'alignement ClustalW, et 90% dans celui Gblocks. Ces régions conservés pourrait correspondre à des régions précises du domaine protéique trouvé. Cependant, il n’est pas indiqué dans l’analyse faite sur InterProScan, il est donc impossible d’en savoir plus. 

L'arbre PhyML a une robustesse en général élevée, l'ORF s'intègre bien au groupe d'étude Pelagibacterales, distinguable du groupe extérieur. 

Par conséquent, l'ORF étudiée est probablement extrait d'un Pelagibacterales (NCBI : 54526), et qui est codant pour la thréonine—ARNt ligase.