Bonjour,

 

J'ai un problème avec TaxReport. Voici une partie des résultats renvoyés:

 

Lineage report
.LUCA
. Bacteria
. .Proteobacteria
. . Gammaproteobacteria
. . .Gammaproteobacteria bacterium................ 1140 0.0    12 hits Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria: SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein...            Gammaproteob... Gammaproteob...
. . .Alteromonas sp............................... 605  0.0    1 hit   Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales:Alteromonadaceae: SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein [Alteromon... Alteromonas sp. Alteromonas sp.
. . .Lacimicrobium alkaliphilum................... 295  8e-85  2 hits  Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales:Alteromonadaceae: SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein [Lutibacte... Lutibacter sp.  Lutibacter sp. 
. . .Marinobacter persicus........................ 288  5e-82  4 hits  Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales:Alteromonadaceae: TonB-dependent receptor [Flavobacterium sp. LC2016-01]            Flavobacteri... Flavobacteri...
. . .unclassified Colwellia....................... 331  7e-98  1 hit   Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales:Colwelliaceae: SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein...            Chitinophaga... Chitinophaga...
. . .Colwellia sp. MB02u-6........................ 327  4e-96  2 hits  Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales:Colwelliaceae: TonB-dependent receptor [Chryseobacterium soldanellicola]         Chryseobacte... Chryseobacte...
. . .Psychromonas sp. B3M02....................... 320  4e-94  2 hits  Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales:Psychromonadaceae: SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein...            Sediminibact... Sediminibact...
. . .Idiomarinaceae bacterium..................... 287  8e-82  1 hit   Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales:Idiomarinaceae: TonB-dependent receptor [Capnocytophaga cynodegmi]                Capnocytopha... Capnocytopha...
. . .Shewanella sp. 10N.286.52.C2................. 287  1e-81  2 hits  Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales:Shewanellaceae: TPA: SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein...       Chitinophaga... Chitinophaga...
. . .Pseudoalteromonas fuliginea.................. 275  3e-77  2 hits  Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales:Pseudoalteromonadaceae: TonB-dependent receptor [Chitinophaga jiangningensis]             Chitinophaga... Chitinophaga...
 

On remarque rapidement dès les premières lignes qu'il y a un problème (ou alors je n'ai pas compris blast). Par exemple, nous avons un lacimicrobium alkaliphilum placé dans les proteobactéries alors qu'en réalité, la protéine renvoyée est un Lutibacter sp. (clade : bacteroidetes). Ce problème est récurrent sur de très nombreuses lignes (presque toutes). Ce n'est pas un problème de navigateur (j'ai essayé sur plusieurs navigateurs sur différents ordinateurs). Egalement, ce n'est pas un problème de report car j'ai essayé avec une autre protéine et les résultats étaient bons.

 

J'avais pensé à regardé le lineage taxonomy de Blastp pour contourner ce problème. Mais voici une partie des résultats renvoyés :

 

 

 

Je n'arrive pas à voir rapidement à quelle classe et à quel ordre appartienne chaque organisme. Il faut que j'utilise le taxonomy browser du NCBI pour le savoir pour chaque résultat...

 

Pourriez-vous me dire si j'ai manqué un élément (par manque de connaissances dans le domaine tel qu'un problème de ma part dans la lecture des résultats) ou si c'est un bug.

 

Je vous mets ci-dessous l'ORF étudié :

 MKNSLLKKPLLILMLLIGSISYGQSVKGVVSDADGSLPGVSITIQGTTTG
VQTDFDGNYTISAKQGDVLVYNYLGYKTEQRTVGSEAVINVTMTQDSTEL
DEIVVIGYGSTTVKDATGSVTSVKSEDFNKGVISSPEQLIQGKTAGVQIS
STSGAPGAGVNIRIRGSNSVRSNNNPLFVVDGIPLSGGATTAGANVIGLG
GNPAKNPLSFLNPNDIESISILKDASATAIYGSRGANGVVIVTTKQGRSK
KGEFNYQANVSSSKARQTYNLLNASQFISERQRLGLPVDAVSNVGSSTDW
QDVVFRTAQSHNQNLSYSKSHDKGSYIATLGFGNQTGIVENSNLERLTAR
LNLNQRFLDDKLTLSFQGSVSRVDDNLAPTGGTAGYKGDVLGAAFSANPT
WPNDPDYDGGTLVNPANLLAYTKGTTNTNRYLANVSLEYDLTSNLKAKVS
VGLDQSDSDNFSVSSSQALGLGDGVAGNGRGAYNVLEVKNELLEATISYN
KEYKNSKLDVLGGFSYQSFQNSGMYSGAWGFSTTDLDQMGSSLKNIVTGI
AGEISGQYQQFAYAPNFTGVAVRGWNGLDFTTTNISPSTSRASVRSLAVD
SYDNT

 

Bien cordialement,