Bonjour Mme Meglecz, 

Je viens donc de terminer comme promis avant ce soir minuit mon échantillon complet Annotathon, avec tous les critères demandés dans vos cours et vidéos. J'ai donc soumis cet échantillon OMRGCv2_9081060.129 pour correction.

Dois-je également soumettre l'intégralité de mes autres échantillons y compris ceux que j'ai abandonné (faute de quoi je n'ai pas pu leur trouver d'orf compatible)?

ou dois-je uniquement soumettre l'échantillon où tous mes résultats sont bons?

Très cordialement

Mr. Singh Amar

Bonjour,

Je vous confirme à troisième fois qu'il faut soumettre une seul séquence.

Cordialement,

Emese Meglecz

Bonsoir, 

Je vous remercie infiniment, en espérant que j'ai respecté les délais et toutes les règles ( je m'excuse pour mes répétitions car c'est pour être sûr de moi).

Du coup vous re-ouvrirez les annotations pour le 18 septembre comme vous me l'avez dit? Que se passera t-il ensuite? Est-ce que vous utiliserez un outil spécifique pour la visio-conférence je jour de l'examen, sachant que je n'ai pas la date exacte ni l'heure.

Selon ce que vous m'avez déjà dit:

Vous le corrigerais/commenterai avant le 11/09/2020 (minuit)
Date limite pour vos annotations révisées : 18/09/2020 (minuit)
Oral sur la base de l’annotathon : 21/09/2020 par visio. Heure à définir

Cordialement.

Mr. SINGH

Re-bonsoir, 

Je viens de consulter mes mails datant du 9 septembre provenant de Mme Tarkhani, 

Elle m'a écrit que les examens sont "annulés et remplacés" lorsque je lui ai demandé les dates des examens détaillés dans chaque UE...
Je n'ai pas compris sa réponse (de peur d'être confus) car je ne sais pas si elle a évoqué un "report"? Sachant que je n'ai eu aucune autre information de la part des autres professeurs dans les autres UE.

Dans l'attente de confirmation.

Très cordialement.

Mr SINGH

Bonjour, 

Je viens d'avoir une réponse de Mme Tarkhani, qui m'a expliqué que rien n'est annulé, 

et que j'avais mal compris son propos.

Du coup c'est OK ...

Dans l'attente du planning des examens et de l'heure à définir pour l'examen du 21.

Très cordialement 

Mr SINGH 

Bonjour Mme Meglecz, je viens de lire le début de votre correction et je patiente comme vous me l'avez indiqué.

J'ai effectivement fait quelques erreurs (de syntaxe ou de choix des mots cohérents) lors de ma rédaction car faute de temps (pouvant parfois amener à une confusion) concernant les ORF known, novel ou faux positifs. J'avais également mis en copié-collé certaines règles du jeu en guise de réponse afin de repérer ce qui était demandé (bien que cela ne parait pas utile) car je suis novice concernant l'outil d'Annotathon ... lorsque vous dites - "Je suis d'accord que l'ORF8 est known mais pas pour les raisons que vous avez citées." - L'ORF par définition à choisir parmi ceux détectés doit être le plus long (possèdant le plus d'acides aminés) d'après ce que j'ai lu dans le cours, dont vos critères demandaient plus de 60 codons et ne contenant pas de codons stop. Il était aussi mentionné dans le cours "qu'au sens strict, un ORF est composé d’un codon d’initiation (ATG le plus souvent), suivi des codons qui déterminent une suite d’acides aminés puis se termine par un codon STOP. Tous ces codons sont consécutifs et ils sont dans le même cadre de lecture. Au sens large, un ORF est une suite de codons (consécutifs, dans le même cadre de lecture) sans codon STOP.", c'est là que viendrait mon ambiguité du choix du critère "known" vu que le codon Stop est situé sur l'ORF8 "probablement" après la base 1520 en 3'. Toujours d'après le cours " Plus l'ORF est long, plus c’est probable que la région soit codante et inversement. Cette recherche va donner beaucoup d’ORFs, mais la majorité seront des faux positifs : des ORF qui ne correspondent pas à un gène codant. En cas de faux positifs le manque de codon STOP dans la séquence est dû au hasard. Autrement dit, dans une séquence aléatoire, on attend en moyenne un codon STOP tous les 21 codons. il est très peu probable de trouver par hasard une centaine de codons consécutifs sans codon STOP. Il y a donc une bonne raison de penser qu’un ORF long est codant.". 

Pour Blastx, j'avais testé chaque ORF séparément, car en ayant lancé Blastn, je n'obtenais pas les mêmes résultats car je n'avais que l'ORF5 contenant 5000 séquences (hits) et non pas l'ORF 8 à étudier (Known). J'aurais du utiliser 10 au lieu de 100 comme vous me l'avez indiqué.

Du coup pour le Blast x contre NR et le Swissprot j'avais pas pu obtenir de résultats pour la deuxième ligne, j'ai donc supposé que les résultéts Blastx contre NR était le plus fiable et utilisé par la suite pour établir l'arbre phylogénétique...

J'ai pris 2 groupes d'études qui m'ont paru cohérent malgré la différence de séquences...

J'ai quand même pu faire le rapprochement taxinomique et voir la similarité avec les bactéria bactérioidetes...

Je reconnais que l'arbre obtenu n'est pas génial... il m'a fallu patienter plus d'1h30 pour l'avoir...

J'attends du coup vos instructions avant l'examen.

Je vous remercie infiniment.

Mr SINGH

Bonjour Mme Meglecz, 

J'ai lu et commencé à réécrire les analyses grâce à vos commentaires.

Malheureusement je me suis rendu compte que la base 10 comportait des séquences erronées et que je n'obtenait pas de bons résultats. J'ai donc utilisé la base 1 pour blastp...

J'obtiens des valeurs acceptables pour la taxinomie.

Je vous enverrai le rendu  ce soir dès que je terminerai le nouvel arbre.

Cdlt

Mr.SINGH