Bonjour Madame Meglecz,

Si on suspect un transfert de gène horizontal entre les Proteobacteria Deltaproteobacteria (groupe d'étude) et d'autres Protéobacteria (groupe extérieur) mais que notre ORF est bien intégré aux Proteobacteria Deltaproteobacteria, pouvons nous dire que l'ORF fait parti des Deltaproteobacteria tout en émettant des doutes suite aux transfert horizontaux?

Bien cordialement.

Eléonore Agresta.

Bonjour Éléonore,

Oui, tout à fait !

Bon WE,
Emese Meglecz

Bonjour Madame Meglecz,

Merci beaucoup pour votre réponse.

Bien cordialement.

Eléonore Agresta

Bonjour Madame Meglecz,

Merci beaucoup! Si je développe bien mon analyse de l'arbre ma conclusion lui ressemble beaucoup donc c'est normal?

J'aurais juste une dernière question, j'ai des sous groupes d'étude pas très bien séparés, j'ai pensé que ça pouvait être du à un choix de séquences avec des e-valeur trop proches (lineage report) (= trop forte homologie peu de séparation) et un choix de séquence sans nom d'ordre par exemple BPD3?

Bonne journée

Bien cordialement

Eléonore

Bonjour Eléonore,

"Merci beaucoup! Si je développe bien mon analyse de l'arbre ma conclusion lui ressemble beaucoup donc c'est normal?"
C’est pour cela que je ne demande pas un développement important dans la section des analyses.

"J'aurais juste une dernière question, j'ai des sous groupes d'étude pas très bien séparés, j'ai pensé que ça pouvait être du à un choix de séquences avec des e-valeur trop proches (lineage report) (= trop forte homologie peu de séparation)…"

Attention la terminologie !!! Homologie n’est pas quantifiable. Vous pouvez quantifier la similarité, mais pas l’homologie.
En effet, si les séquences de groupe d’étude sont très proches, il n’y a pas nécessairement assez d’information pour séparer les sous-groupes. Dans ce cas, on attend des bootstrap assez faibles.

"...et un choix de séquence sans nom d'ordre par exemple BPD3?"
Oui, on n’a pas assez d’information pour ces séquences.

Bonne journée,
Emese Meglecz