Bonjour,

En analysant mon arbre phylogénétique, les deux groupes d'étude et externe sont bien séparés sauf une seule séquence du groupe d'étude qui est enracinée avec deux groupes externes, comment cela peut-être interprété ? 

Cordialement

Bonjour,

les mélanges de séquences entre groupe d'étude et externe peuvent effectivement exister. Ils sont le résultat d'événements évolutifs qui se sont produits au cours du temps et qu'il faut donc expliquer.

Voir le document Phylogénie déposé sur Ametice : cf la partie "cas difficiles d'interprétation".

2 événements évolutifs peuvent expliquer les incohérences entre l'arbre de gène et la taxonomie de référence : transfert horizontal de gènes ou duplication ancienne créant 2 copies paralogues, qui ne seront pas forcément maintenues toutes les 2 dans tous les taxons, toutes les espèces. Ainsi, certains taxons ou certaines espèces d'un groupe peuvent avoir perdu le paralogue 1, alors que d'autres auront perdus le paralogues 2.

Bon travail,

BW