Bonjour, 

je voudrais savoir si c'est normal de pas avoir les valeurs de support aux noeuds des arbres pour la méthode BioNJ?

Merci.

Bonjour,

Oui, tout à fait normal.

On ne fait pas la procédure de Bootstrap, ni pour la méthode PhyML, ni pour la méthode de distance : cette procédure de bootstrap est trop longue.

Pour la méthode PhyML, pour définir le support des noeuds, vous avez le choix entre la procédure de bootstrap et un test statistique, sélectionné par défaut (Approximate Likelihood-Ratio Test (aLRT):). C'est ce test statistique qui permet donc d'avoir les valeurs de support de noeuds.

Pour la méthode de distance, il n'y a pas de test statistique, seule la procédure de bootstrap permettrait d'avoir ces valeurs. Or, comme on ne fait pas ce bootstrap, vous obtenez donc un arbre sans valeurs de support de noeuds.

Bon travail,

BW

Daccord super meci.

Bonjour ,

quelqu'un sait comment ouvrir un arbre à partir d'un format newick ?

Finalement j'ai trouvé un site pour visualiser les arbres au format newick : http://etetoolkit.org/treeview/

Bonjour,

Pour visualiser votre fichier newick vous pouvez utiliser l'outil d'annotathon http://annotathon.org/outils/nw_utils.php ou sur phylogeny.fr utiliser online programs -> treedyn

Bonne journée

Florian Rosier

Bonjour,

Pour visualiser votre fichier newick vous pouvez utiliser l'outil d'annotathon http://annotathon.org/outils/nw_utils.php ou sur phylogeny.fr utiliser online programs -> treedyn

Bonne journée

Florian Rosier