Bonjour,
Je travaille avec mon camarade sur une protéine provenant (avec certitude) d'une bactérie (plus précisément Prevotella).
En analysant la séquence sur Interpro, nous nous retrouvons avec deux domaines Fido-like, que nous savons très bien expliquer, et BRO N-terminal qui est peu documenté.
Nous avons en effet trouvé sur ce domaine qu'il est responsable de la liaison à l'ADN, et qu'il est présent dans une grande majorité de virus infectant bactéries et eucaryotes. C'est à ce niveau là qu'apparaît notre interrogation : comment se fait-il qu'une bactérie et un bon nombre de ses homologues ait intégré de façon permanente et viable ce domaine pourtant "exclusivement" viral ?
Dans ma réflexion, je suis arrivé à plusieurs hypothèses :
Premièrement, le domaine viral aurait pu être transmis après infection dans une bactérie qui l'aurait assimillée, et transmise à sa descendance, créant ainsi un nouveau groupe monophylétique (ce qui expliquerait que certaines espèces du groupe d'étude se retrouvent dans le groupe extérieur dans notre arbre phylogénétique).
Deuxièmement, ce domaine n'est pas seulement viral comme le disent les articles, et a bien une utilité dans la protéine de filamentation étudiée dans cette annotation. Dans ce cas second, je ne comprends vraiment pas comment des espèces de l'embranchement représentant le groupe d'étude se retrouvent dans le groupe extérieur.
Auriez-vous donc des suggestions ? Ou même une réponse à mes interrogations ?
Je vous remercie énormément pour le temps que vous voudrez bien prendre pour mon message, et me tiens à votre disposition pour tout renseignement complémentaire.
Romain Leroy