bonjour jai un probleme avec mon arbre je ne sais pas ou il faut placer la racine

De plus je ne vois pas de noeud au niveau de mon orf je ne sais pas pourquoi

merci de votre aide

cordialement sarah nabet

Bonjour Sarah,

Votre choix de groupe d’extérieur n’est pas cohérent. Si le groupe d’études est le gammaproteobacteria, le groupe extérieur n’est pas l’ensemble des Alphaproteobacteria et  Betaproteobacteria.
 Vérifiez l’arbre de vie pour corriger le groupe extérieur ( http://annotathon.org/Metagenes/index.php/Annotathon:_foire_aux_questions#L.27arbre_de_la_vie.2C_vu_par_les_microbes ) .

Prenez l’arbre de vie des bactéries :

• Localisez votre groupe d’étude ( Gammaporteobacteria )
• Remontez d’un nœud dans l’arbre.
• Le groupe de l’autre côté de ce nœud est le groupe extérieur.

En choisissant correctement vos groupes, l’enracinement sera plus simple.
Bon travail,
Emese Meglecz

MERCI BCP jai choisi le bon groupe exterieur betaproteobacteria mais je narrive pas a placer la racine De plus il nya toujours pas de noeud pour mon orf 

merci de votre aide 

 +-------+ BPGTu1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Thiotrichales                                
   |                                                                                                         
+-+ 0.922000+ BPB1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-E-value2e-41-Ba                               
| +-------+ 1.000000                                                                                        
|         ++ BPBBBP1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial                               
|                                                                                                           
|  +----+ BPBNNN1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Nitrosomonada                                  
|  |                                                                                                        
=| ++ 0.444000PGCC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Chromatiales                                 
| |+-+ 0.436000                                                                                             
| |  +------+ BPBRRP1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Rhodocyclales                              
| |                                                                                                         
| |         +----+ BPGOOA1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril                         
| |      +--+ 0.713000                                                                                      
| |     ++ 0.750000---+ BPGCCC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Cellvibriona                    
+-+ 0.995000                                                                                                
   |     |+---------+ BPGPMP1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Pseudomonada                       
   |     |                                                                                                   
   |    ++ 0.782000------------+ BPGNSN1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Nevskiales-S            
   |    || +---+ 0.660000                                                                                    
   |    |+-+ 0.170000-----------------+ BPGLLL1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Legionellale     
   |    |  |                                                                                                 
   |    |  +-------------------+ BPGXXX1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada            
   +----+ 0.845000                                                                                           
        | +-------+ BPGMCC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Methylococca                         
        | |                                                                                                  
        | |      +-----+ BPGVVP1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Vibrionales                     
        | |      |                                                                                           
        +-+ 0.865000.951000PGPPL1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Pasteurellal                   
          |   |  +-+ 0.098000                                                                                
          |  ++ 0.391000----+ BPGEEE1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Enterobacter               
          |  ||                                                                                              
          +--++1.000000BPGAPP1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada                      
             |                                                                                               
             |                       +------+ BPG1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-E-value2e-90-B
             +-----------------------+                                                                       
                                     +------+ OMRGCv2-8218230-Translation-234-911-direct-strand        

Bonjour Sarah,

En effet, le choix de groupe extérieur est bon maintenant.
Dans votre arbre il n’y a pas moyen de séparer parfaitement le groupe d’étude et le groupe extérieur. Vérifiez l’annotation des deux séquences de gamma, qui se mélange avec des béta.

D’autre part, vous devrez placer la racine entre la branche majoritairement beta et la branche des gamma (tous les gamma sauf 2 qui se trouvent dans la branche des beta).
Pour le faire, identifiez le nœud le plus récent, qui et à la base des séquences beta. Prenez l’identifiant d’une séquence de chaque côté de ce nœud, pour l’outil qui enraciner l’arbre.

Bon travail,
Emese Meglecz