Bonjour

Mes deux ORF ont plus de 1000 aa, dois je faire le Blastx quand même?

Sheina

Je comptais choisir plus précisément l'ORF 1 qui me semble complet mais un message en vert d'information me dit que non car il ne commence pas par une méthionine ? qu'est ce que cela signifie?

Comme il me semblait assez long j'aurais pensé le choisir... Qu'en pensez vous ?

Vous remerciant par avance,

Cdlt

Sheina sebbagh

Bonjour Sheina,

BLASTx sert uniquement pour rapidement parcourir plusieurs séquences pour éliminer ceux qui ne conviennent surement pas pour les analyses (par exemple homologues trop similaires ou aucun ORF codant). Il n’est pas essentiel, si vous avez une séquence qui vous semble utilisable.

Vos ORF n’ont pas plus de 1000 aa. (285 et  196 aa).

« Je comptais choisir plus précisément l'ORF 1 qui me semble complet, mais un message en vert d'information me dit que non car il ne commence pas par une méthionine »
Vous avez utilisé « Any codon » comme codon d’initiation. Cela veut dire qu’on a demandé ORF Finder de chercher uniquement des codons STOP, et pas de codon d’initiation. Il est donc normal que l’ORF ne commence pas par un Met. Vous allez déterminer le début de l’ORF avec plus de précision à l’aide de l’alignement multiple.
Attention, vérifiez que les meilleurs hits ne soient pas trop proches de votre ORF (%identité devrait être < 90% ; voir Règles du jeu).

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour,

Ok donc j'ignore le message, et je fais Blast x quand même 

Merci beaucoup et désolée de vous solliciter autant

Cdlt