Bonjour,

Au départ je pensais prendre comme groupe:

Groupe d'étude: Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria

Groupe extérieur : toutes les bactéries Proteobacteria:Gammaproteobacteria

La meilleure E-valeur du groupe des Alphaproteobacteriea est 1e-111 tandis que la mailleure E-valeur du groupe extérieur est 8e-69.  En conséquence, le meilleur hit du goupe d'étude a une E-valeur au moins 42 d'ordre de grandeur inférieur à celle du groupe extérieur, et cela me paraissait donc correct!

Cependant, en faisant l'étude dans Tax report, il y a énormément de "bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales" , ainsi que d'autres groupes d'alphaproteobacteries, et très peu de Gammaproteobacteries.

Serait-il alors plus judicieux de choisir comme groupe d'étude "Alphaproteobacteria:Rhodospirillales", et comme groupe extérieur les autres groupes d'alphaproteobacteries, autres que Rhodospirillales ??

Merci beaucoup,

Cordialement,

Déborah BIGARD

Bonjour Déborah,

C’est une très bonne question et vous avez un cas intéressant.

Votre première idée de choisir des Alphaproteobacteria comme groupe d’étude est logique. Attention, dans ce cas le groupe extérieur n’est pas les Gammaproteobacteria. Regardez l’arbre de la vie dans FAQ pour faire un choix correct. ( http://annotathon.org/Metagenes/index.php/Annotathon:_foire_aux_questions#L.27arbre_de_la_vie.2C_vu_par_les_microbes  )

Pouvez-vous réduire le groupe d’étude à bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales ? La réponse n’est pas évidente, car les meilleurs hits sont les Alphaproteobacteria sans qu’on connaisse leur classe. Ils font peut-être partie des Rhodospirillales, mais ce n’est pas sûr. C’est très tentant d’essayer de choisir un groupe d’étude réduit, mais comme on ne peut pas connaitre la provenance précise des meilleurs hits, il est difficile à déterminer le groupe d’étude et enraciner l’arbre.

Je vous conseille de commencer avec les Alphaproteobacteria comme groupe d’étude. Ce n’est pas de problème d’avoir peu des séquences de groupe extérieur.
Ensuite, si vous voyez dans l’arbre une bonne séparation entre des classes des alphaprotéobactérie, vous pouvez être plus précise pour l’annotation de l’ORF. Sinon, vous resterez avec l’ Alphaproteobacteria.

Bon travail,
Emese Meglecz