Bonjour Léa,
Merci pour la question bien posée :)
Tout d’abord, je constate un bug dans l’outil Definition list. Je viens de demander que ça soit corrigé. En attendant, dans votre tableau 3 lisez les valeurs > 10 , comme 0.xx. Par exemple 42 devrait se lire 0.42. Ne perdez pas le temps avec la correction manuelle du tableau, j’espère que l’outil soit réparé rapidement. Seulement tenez compte dans l’interprétation, que par exemple la l’Evaleur max de la première lige est 0.42 et pas 42.
Un Evaleur relativement élevée à la fin de la liste des hits n’est pas grave. Seulement, vous ne pouvez pas être sûre à priori que tous les hits soient homologues. Pourtant pour la phylogénie vous avez besoin que des hits homologues. Pour éviter d’inclure des séquences non homologues dans l’analyse phylogénétique, il faut déterminer un seuil d’Evaleur au-dessus laquelle vous êtes sure d’avoir que des homologues. Par exemple si le seuil est 1e-7, vous pensez que tous les hits avec une Evaleur plus petite que 1e-7 sont les homologues.
La détermination de seuil est en effet souvent basée sur la fonction des séquences, mais vous avez raison, vous pouvez regarder également les alignements pour juger. Cette approche est plus compliquée pour les néophytes, car BLAST peut faire un alignement partiel pour les raisons techniques, qui peut vous induire en erreur.
Je copie-colle quelques liens avec des discussions pour comment déterminer la valeur seuil. Hélas, il n’y a pas de recette générale.
https://ametice.univ-amu.fr/mod/forum/discuss.php?d=115926
https://ametice.univ-amu.fr/mod/forum/discuss.php?d=117322
http://annotathon.org/?seeThread=2362
Bon travail,
Emese Meglecz