Bonjour, 

Lorsque que j'arrive à la partie création de l'abre phylogénétique à priori je vois bien une distinction entre mon groupe d'étude et mon groupe extérieur mis à part une séquence (Rickettsiales) qui se retrouve au niveau de mon groupe d'étude. Mon ORF se trouve également dans le groupe d'étude. La pluspart des valeurs de robustesse me paraissent correcte.

Je bloque au niveau de l'enracinement de l'arbre, j'ai essayé plusieurs possibilité, également tenté d'enlever certaines séquence et recommencer mais je n'arrive pas a enraciner l'arbre comme dans votre exemple, de tel sorte a ce que le groupe d'étude et groupe ext soit séparé au niveau du premier neoud.
J'ai regardé vos vidéos de l'envoi 3 mais n'ai pas trouvé de solution sauf accepté que l'enracinement ne puisse pas être parfait. J'ai vérifié plusieurs séquences sur NCBI mais je ne vois pas de grosses erreur d'annotation.

Je cherche d'ou peut venir le problème mais je pense avoir correctement choisi mes groupes d'étude et extérieur (bonne différence de e-value). Mon alignement multiple ne montrait que 48% de positions conservé par rapport aux positions d'origine après Gblocks mais je ne pense pas que le problème vienne de la.

J'avoue être a court de resource pour trouver la solution.

Merci d'avance pour votre retour.
 

Bonjour Fiona,

Pour pouvoir placer la racine avec l’outil d’annotathon (newick tree manipulation, http://annotathon.org/outils/nw_utils.php ), il faut délimiter soit le groupe d’étude, soit le groupe extérieur. Choisissez celui qui NE contient PAS la racine actuelle de l’arbre. Dans votre cas, c’est le groupe d’étude.

• Trouvez le nœud le moins profond (plus près des feuilles) qui englobe tout le groupe (dans votre cas, tous les Pelagibacter + ORF + la séquence rouge de Rickettsiales). Dans votre arbre, c’est le nœud avec la robustesse 0.999.
• Identifiez les deux branches qui descendent de ce nœud
• Prenez l’identifiant d’une séquence de chacune de ces deux branches et coller-les dans la case ‘Root the tree on the following’

Dites-moi si en suivant de mes instructions vous avez toujours de difficultés.

Lisez bien la fiche de ‘Rickettsiales’. Je pense que vous allez trouver une explication potentielle pour la mauvaise place de cette séquence.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour, 

Merci beaucoup pour ces indications, effectivement ça fonctionne mieux et j'ai pu enraciner l'arbre de sorte à bien voir la séparation des deux groupes!. J'avais tenté avec séquences de Pelagibacters mais ce n'était pas les bonnes, je ne suivait sans doute pas correctement les branches de l'arbre, merci de m'avoir orienté.

Je me penche vers la question de la séquence des Ricketsiales.

Merci encore, 

Fiona

Bonjour Fiona,

Oui, vos deux premiers arbres sont bien enracinés.

Dans la version finale de l’annotation, gardez que des arbres que vous jugez essentiels.

Bon travail,
Emese Meglecz