Bonjour,
Je viens de faire un alignement multiple, mais il me semble très mauvais. Est ce que je peux continuer avec ou dois-je changer un paramètre dans mon étude (choix de groupe, E-valeur ?)

Merci d'avance

Julie PELCY

Bonjour Julie,

Expliquez, SVP, pourquoi vous trouvez l’alignement mauvais. Je pense que cela va vous aider de faire une décision, mais si ce n’est pas le cas, promis, je commenterai vos explications pour vous guider.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour,

L'alignement me parait mauvais car il y a peu de séquences conservées (31 % contre 76% dans l'exemple que vous nous montrez en vidéo). De plus une grande partie des homolgues n'ont pas un seul codon conservé par rapport à l'ORF. Du coup j'ai envie de l'habandonner mais je voudrai être sure qu'en effet ca ne vaut pas la peine de continuer.

Merci d'avance

Julie PELCY

Bonjour Julie,

Gblock par défaut enlève toutes les positions de l’alignement, où au moins une des séquences a un gap. L’ORF que vous avez est incomplète en Cter. En conséquence, une très grande partie de fin de l’alignement n’est pas conservée par Gblock. La faible proportion des positions gardées par Gblock est due partiellement à ce manque de l’information (ORF incomplet). Pour cette raison, le pourcentage des positions gardées n’est pas très informatif. Vous avez 170 positions restantes après Gblock. Ce n’est pas mal.
De plus, sur la région de l’alignement couvert par ORF, vous avez des positions conservées assez bien réparties sur la longueur. Dans un alignement multiple avec beaucoup des séquences, il est rare de trouver beaucoup de positions conservées.
Vous pouvez continuer avec cet alignement.

Lisez également l’échange suivant pour plus d’info :
http://annotathon.org/?seeThread=2381

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour,
Merci beaucoup
Julie Pelcy