Bonjour Madame,

J'ai étudié cette séquence mais le 1er hit ne répond pas à votre règle de fairplay (identity = 100%) cependant, les autres qui suivent sont à moins de 70 %.

J'ai choisi comme groupe d'étude les gammaproteobacteria et en groupe extérieur les betaproteobacteria.

Est-ce que je peux continuer ou est-ce que je dois abandonner là et partir à la recherche d'une autre séquence ? Sachant qu'il n'y a plus beaucoup de temps avant le 15 avril et que j'ai beaucoup à étudier encore, avant les évals ...

Bien à vous !

Laetitia.

Bonjour Laetitia,

Je fais une exception pour les raisons suivantes :

Comme vous avez dit, il n'y a qu'une seule séquence avec une très bonne identité. Cette séquence sorte d’un projet métagénomique, donc sa fonction est son origine ont étaient déterminés par analyse bio-informatique seulement, donc leurs exactitudes n’est pas garantie. De plus, la séquence est assignée qu’au niveau de Gammaproteobacteria, donc ne vous donne pas beaucoup d’information.

Donc vous pouvez analyser cet ORF, mais ne tenez pas compte de meilleur hit dans votre analyse. Faites comme s’il n’était pas là.

Bon travail,
Emese Meglecz

Merci beaucoup de votre réponse !

Effectivement lorsque j'ai été plus loin dans l'analyse, cet homologue à 100 % avec une e-value à 9 e-167 est noté comme Gammaproteobacteria bacterium. Et l'alignement est catastrophique avec celui là.

Du coup, en le mettant de côté je reviens dans les règles de fairplay ...

Bien à vous !

Laetitia