Bonjour,

Désolé d'écrire une nouvelle fois sur le forum, j'ai obtenu un arbre bien compliqué que je ne peux modifier mieux que cela. J'ai vue la dernière vidéo sur les recherches d'erreurs j'ai donc voulu tenter le coup pour trouver une explication à l'aspect de ce premier arbre, avant d'opter pour une autre hypothèse.

 Je voulais juste un renseignement : que signifie cela sur ncbi ? Je n'ai pas de ligne CDS comme dans la vidéo, quelqu'un sait si je peux me servir de l'une de ces lignes ou est-ce autre chose ?

"FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..560
                     /organism="Holospora"
                     /db_xref="taxon:44747"
     Protein         1..560
                     /product="membrane protein insertase YidC"
                     /calculated_mol_wt=63888
     Region          5..554
                     /region_name="PRK01318"
                     /note="membrane protein insertase; Provisional"
                     /db_xref="CDD:234942"
     Region          5..344
                     /region_name="yidC_nterm"
                     /note="membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family,
                     N-terminal domain; TIGR03593"
                     /db_xref="CDD:274666"
     Region          354..552
                     /region_name="60KD_IMP"
                     /note="60Kd inner membrane protein; pfam02096"
                     /db_xref="CDD:280297"   "

Merci beaucoup,

Christelle 

Bonjour Christelle,

Rien ne suggère une erreur d’annotation dans la partie de la fiche que vous avez collée dans votre message.

Êtes-vous sûre que c’est une bonne idée de présenter votre hypothèse 1 ? Est-ce que c’est une hypothèse qui vous semblait vraiment plausible avant de créer l’arbre ? Je repose ici la question auquel j’ai répondue dans un poste précédent : quelle est la valeur maximale de l’Evaleur, quand 0 est affiché ?

Bon travail,
Emese Meglecz

Merci pour votre réponse, concernant l'hypothèse 1 je vais supprimer toute la partie analyse phylogénétique, dans laquelle je ne traiterais que l'hyppothèse 2 si j'y arrive (dur dur..).

Quand 0 est affiché la valeur maximal de l'E-value serait 1e-171 si j'ai bien compris... Du coup cela est trop proche de la meilleure E-valeur du groupe extérieur dans l'hypothèse 1, ce qui explique peut être les résultats non satisfaisants obtenu en phylogenie ? 

Merci, 

Christelle 

Bonjour Christelle,

Oui! Vous l'avez bien compris :)

Super merci,

Bonne soirée

Christelle