Bonjour, est ce normal d'avoir pour mes premieres lignes des e valeur de 0 pour mon blast nr ?

Bonsoir isis,

Je suis également dans ton cas, j'ai pensé que cela voulait dire que le fragment correspond exactement aux premières séquences données par BLAST. 

J'ai trouvé ça sur internet : "Une valeur de 0 est en fait une probabilité arrondie (peut-être 1e-250 ou quelque chose du genre) et indique simplement qu'il n'y a (presque) aucune chance qu'un alignement puisse se produire par hasard. " Donc cela signifierait qu'il y a un très bonne alignement  et qu'il n'y a presque aucune chance que cela soit dû au hasard.

source : http://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/5426.html 

ça aussi : "Les valeurs e très basses sont arrondies à zéro. BLAST utilise une représentation à double point flottant, ainsi les valeurs e inférieures à approximativement 5*10^−324sont arrondies à 0."  source : https://www.biostars.org/p/297267/

bonne fin de soirée

Christelle Gobet

Super! Merci, Krystel!

Emese Meglecz

Merci Christelle pour ta réponse.

Bonjour, ja n'arrive pas à créer une nouvelle discussion donc je met le poste ici. Comment faire pour retirer des séquences du panier ? J'en 30 mais aucune qui ne va vraiment hors je ne peux plus en mettre comment faire?

Autre question, j'ai annoté quasiment entièrement la séquence 6 mais plusieurs chose me pose problème comme le fait que les E-valeurs des dernières lignes dans le tableau 3 soit assez élevées . Je ne sais pas trop si je peux continuer avec cette séquence.

Bonne journée isis

Bonjour Isis,

Regardez le vidéo d’introduction pour voir comment poster une question sur le forum. (autour de 7e minute)
https://amupod.univ-amu.fr/video/2344-presentation-dannotathon/
Vous pouvez aussi lire les règles du jeu (Forum de discussion; http://annotathon.org/?actionjs=rules)

Vous ne pouvez pas retirer des séquences de votre panier. Parmi 30 séquences, je doute que vous ne trouviez aucune qui convient aux analyses.
Regardez chaque vidéo et faites tout de suite après le travail décrit dedans. Si vous regardez trop de vidéos à la fois sans essayer de mettre en pratique leurs contenus, vous risquez d’être brouillée.

Postez la question concernant de l’E-valeur de séquence 6 à partir de la séquence (comme expliqué dans la vidéo). Il faut que je puisse voir les résultats pour pouvoir comprendre votre question.

Bon courage,
Emese Meglecz

Bonjour,

Dans mon blast nr, je trouve des e-valeurs comprises entre 1e-117 et 9,9, je ne sais pas si je dois continuer à avancer avec cette annotation ou non!

De plus, dans, avec swiss prot, seule un alignement est trouvé.

Cela m'a donné ce tableau, est-ce cohérent, ou il est inutile d'aller plus loin?

Table 2: Nombre et qualité des alignements détectés par BLASTp contre NR et SWISSPROT

 nombre de protéines alignées

e-value min

e-value max

e-value seuil

 NR 

2701

1e-117

9,9

>9,9

 SP

1

7e-29

7e-29

7e-29

Merci !

Déborah BIGARD

Bonjour Déborah,

Je recopie ci-dessous ici nom message que je vous ai envoyé le 3 avril, et je précise : posez les questions sur le forum d’Annotathon à partir de votre séquence, pour que je puisse avoir toutes les informations nécessaires. (voir https://amupod.univ-amu.fr/video/2344-presentation-dannotathon/ pour savoir comment utiliser le forum)

Selon le tableau que vous avez donné dans votre message, vous avez 2701 hits, dont certains avec de très bonnes E-valeurs. A priori (je ne peux pas dire plus sans voir vos autres analyses), pas de problème donc, vous pouvez travailler avec cette séquence. Le fait que vous avec un seul hit dans Swissprot, rends la détermination de la fonction un peu plus compliquée, car dans les fiches Swissprot vous auriez pu trouver des descriptions un peu plus détaillées de la fonction. Néanmoins, ceci ne vous empêche pas d’analyser cette séquence. Vous pouvez chercher des informations fonctionnelles dans QuickGo (https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/ ) ou en général en ligne.

>9,9 dans le tableau indique que tous les hits sont les homologues, et donc il n’y a pas de moyen de déterminer une valeur seuil entre des séquences homologues et non-homologues. Est-ce bien le cas ?

Bon travail,
Emese Meglecz

Message envoyé par mail le 3 avril :

Bonjour Déborah,
SVP, posez vos questions sur le forum et parcourez les questions déjà traitées.
9.9 est une E-valeur très élevée, et la plupart du temps les séquences ne sont pas homologues avec une telle Evaleur. Vous devez donc déterminer une E-valeur seuil, au-dessous laquelle toutes les séquences sont homologues.
Je pense que vous allez trouver la réponse dans les échanges suivants:
https://ametice.univ-amu.fr/mod/forum/discuss.php?d=115926
http://annotathon.org/?seeThread=2362
https://ametice.univ-amu.fr/mod/forum/discuss.php?d=117322
Bon travail,
Emese Meglecz