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recherche du score seuil |
bioinfo
18 Mar 2008 21:09
Non evaluated contribution |
Bonjour,
Notre binome rencontre la difficulté de déterminer le score seuil.
Est-ce qu'on peut considérer le score seuil comme valable, pour une similarité de 1/3 de la sequence proteique de query (30% d'identité et 49% de positives).
Dans le cours sur le blast, on a vu que pour 2/3 de la sequence proteique de query présentant une similarité significative avec d'autres séquences, le score figurant est largement au dessus de l'éventuel score seuil.
Pouvez vous nous fixer une proportion limite de la taille de notre séquence requête pour laquelle la similarité n'est plus considérée comme significative.
Cordialement.
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Hingamp_B08
19 Mar 2008 10:49
Game master |
Bonjour,
J'ai relu votre question plusieurs fois et je n'arrive pas à en saisir le sens... Que voulez vous dire par "pour une similarité de 1/3 de la sequence proteique de query"?
ou par "pour 2/3 de la sequence proteique de query présentant une similarité significative avec d'autres séquences, le score figurant est largement au dessus de l'éventuel score seuil"?
ou encore "une proportion limite de la taille de notre séquence requête pour laquelle la similarité n'est plus considérée comme significative"?
Je ne sais pas si vous parlez de la longueur de l'alignement, ou de la proportion de la query représentée dans l'alignement, ou d'autre chose? |
bioinfo
19 Mar 2008 11:53
Non evaluated contribution |
c'est plutot la longueur de l'alignement dont il s'agit, et encore....
En fait, notre cas est délicat: svp regarder les references de notre lot.
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orus
20 Mar 2008 10:52
Non evaluated contribution |
est il possible de ne pas avoir de score seuil nous n'avons que 9 séquence dans le blastp contre nr et les scores vont de 42 a 33? |
Brochier_B08
23 Mar 2008 9:48
Game master |
Il est en théorie impossible de ne pas avoir de score seuil.
En effet, à partir du moment où il existe des homologues à votre séquence d'intérêt, on doit pouvoir trouver un score seuil entre séquences homologues et séquences non homologues à votre séquence d'intérêt.
En pratique, si par blast vous détectez TOUS les homologues de votre séquence d'intérêt présents dans la banque et aucune séquences non homologues, vous ne pouvez pas définir de manière stricte le score seuil; vous pourrez simplement dire qu'il est inférieur au plus petit score associé à un homologue que vous avez détecté.
Inversement si par blast vous ne détectez AUCUN homologue de votre séquence d'intérêt dans la banque, vous ne pourrez pas définir de score seuil car il n'y a pas d'homologues.
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