Bonjour à tous,

Je pense être tombée sur un cas un peu spécial, je ne suis peut-être pas la seule, sur mon brin indirect, l’ORF2 va presque jusqu’à la fin de la séquence (nucléotide 1053 sur un total de 1055 nucléotides dans la séquence analysée).

J’avais donc pensé que le hasard avait fait que l’ORF2 se terminait juste 3 nucléotides avant la fin de la séquence, et que j’avais la chance d’avoir l’ORF2 en entier.

Mais j’ai l’impression que tel n’est pas le cas, car dans la séquence de l’ORF2 traduite en acide aminés, il n’y a pas de STOP à la fin.

Est-ce que je dois considérer que mon ORF2 est complet en 3’ ou incomplet ? En l'absence de codon STOP, je pense qu'il est incomplet, qu'en pensez-vous ?

Bien cordialement,

Laura Latil Rowland

Bonjour,

Je pense avoir finalement compris : le codon final est incomplet, il n’y a que 2 nucléotides au lieu de 3.

1055-1053=2

C’est pourquoi il manque le dernier acide aminé, puisque nous avons seulement 2 nucléotides.

L’ORF2 est donc incomplet en 3’.

Bien à vous,

Laura

Bonjour Laura,
Je suis contente que vous ayez posé cette question, et encore plus contente que vous ayez trouvé la réponse correcte toute seule !
En effet quand un ORF s’arrête à moins de 3 bases de l’extrémité (5’ ou 3’) de la séquence, il n’y a plus de place pour un codon supplémentaire (on ne connait pas le codon suivant). La séquence est probablement incomplète, mais ceci devrait être confirmé à l’aide de l’alignement multiple.

Bonne soirée,

Emese Meglecz

Les deux bases de fin en 3' sur le reverse sont TA, qui est le début de deux des codons STOP (TAA et TAG). Est ce que SMS prend cela en compte ?

Merci pour votre reponse rapide !

Bonne soiree,

Laura

"Les deux bases de fin en 3' sur le reverse sont TA, qui est le début de deux des codons STOP (TAA et TAG). Est ce que SMS prend cela en compte ?"

Non. ORF Finder n’est pas si sophistiqué. De plus, ça peut également être TAC ou TAT.
Bonne journée

Bonsoir,

Je crois que je suis dans le même cas pour mon ORF1, sur ORFinder il s'arrête deux bases avant la fin. Si je comprend bien il ne faut pas en conclure que l'ORF s'arrête vraiment mais plutôt qu'on ne peut plus lire car on est au bout du fragment ? 

Merci

bonne soirée

Oui. C'est bien ça !

Bonjour, 

J'ai eu ce cas avec les 3 premières séquences ajoutée a mon panier.
Pour les 3 après avoir fait la recherche d'ORF et enregistré mes annotations Annotathon m'affiche ce genre de message:

ORF start must be an integer between 1 and 1365
ORF end	position of last nucleotide before STOP codon
Translation	[ Warning ] 5' incomplete: does not start with a Methionine [ ERROR ] incorrect ORF: does not contain a multiple of 3 nucleotides! [ Warning ] 3' incomplete: following codon is not a STOP

Par exemple premier fragment mon ORF1 sur le brin directe couvrait la totalité du fragment, donc il était incomplet en 5': imossible de savoir si il y'a un codon stop ou d'autre codons codant en amont, et incomplèt en 3' car on ne peut pas savoir si la séquence est complète et suivi d'un codon stop ou codant (naturellement les 3 autres ORF qu'il m'a sorti était non codant). De plus cet ORF avait 5000 hits et si je faisait la recherche avec 10000 ça n'aboutissait pas. Je me voyait mal copier un tableau avec 5000 hits dans l'analyse des résultats.  Par contre en faisant un Blastp contre Swissprot je n'avais plus que 2 hits qui correspondait au même résultats que les 5000 hits de la base NR.

J'avais aussi le cas de Laura, avec un ORF s'arrêtant 2 bases avant la fin du fragment.

Puis j'ai eu le cas où l'ORF commençait à la base nucléotidique 2 donc impossible de conclure en 5'

Dans tous ces cas abandonne-t-on l'anotation? 

Merci d'avance!

Bonjour FIO19,

SVP, lisez les postes avant de poser des questions, et posez des questions à partir de votre séquence, SVP ! C’est pour augmenter l’efficacité de tout le monde.

Les séquences incomplètes ne posent pas de problème. Cela a été traité plusieurs fois sur les forums.

Pour votre message d’erreur, cela me semble une erreur de copier-coller des positions, mais je ne sais rien dire de plus, sans voir votre séquence.

Vous pouvez parfaitement copier-coller 5000 résultats dans Annotathon. C’est expliqué dans les vidéos. Il est peu utile et difficile de travailler avec 10000 hits. Donc, restez avec 5000 hits.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour, 

Effectivement il y'a une partie du forum que je ne visualisais pas avant que je pose ma question, je ne voyais que les discussion généralités.
Merci tout de même d'avoir pris le temps de répondre.
Cordialement,

Fiona