Forum "Domaines conservés: INTERPRO"

Thread subject: GO term

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GO term
Rosonp
29 Apr 2018 18:42
Non evaluated contribution

Bonjour,

Aucun résultat n'est trouvé sur interpro mais également avec le BLAST contre nr où le message suivant apparaît : "No significant similarity found. For reasons why,click here" . Les recherches ont été effectué avec 2 ordinateurs différents et ne donnent aucun résultat. Nous ne savons donc pas comment faire pour choisir le GO term, 

Cordialement 

PRAT Rosalie, VALLANTIN Pierre 

B_Wirth_18
30 Apr 2018 11:00
Game master

Bonjour,

"Aucun résultat n'est trouvé sur interpro mais également avec le BLAST contre nr où le message suivant apparaît : "No significant similarity found."

==> ce n'est pas possible, puisque vous aviez des résultats avec INTERPRO ET avec les DEUX blast (nr et sp) lors de l'annotation 1.

"Les recherches ont été effectué avec 2 ordinateurs différents et ne donnent aucun résultat. "

==> il s'agit donc plutôt d'une erreur de manipulation : quelle séquence avez-vous utilisé ? Et quelle séquence doit être utilisée pour effectuer ces analyses (Interpro + blast) ?

==> Vous avez des termes GO proposés pour le Processus Biologique ET pour la Fonction Moléculaire dans les résultats Interpro ET dans les fiches SP.

Bon travail,

BW

B_Wirth_18
30 Apr 2018 11:02
Game master

Est-ce que je dois vous remettre la séq à l'étape "Annotation 2" pour modifier les termes GO ?

BW