Bonjour,
- "Vous nous dites que nous aurions du faire un enracinement par rapport aux Ricketsiales"
==> NON, c'est votre groupe d'étude ! C'est ce que vous avez annoncé dans votre annotation 1 : "Le groupe des Rickettsiales a été choisi comme groupe d'étude."
- "cependant il n'y a pas de sous-groupes (pas assez de séquences) dans ce groupe d'alpha-protéobactérie,"
==> c'est faux. cf votre annotation 1 : "De plus il présente 44 alignements, ce qui est largement suffisant pour pouvoir faire l'alignement et l'arbre." Vous avez effectivement 43 ou 44 séq de Rickettsiales, or on vous demande d'en sélectionner une trentaine.
- "Les alphas sont notre groupe d'intérêt et toutes autres séquences (euca comme bactérie) consitutent le groupe externe, non? "
=> "Les alphas sont notre groupe d'intérêt" : Pourquoi les alpha- seraient ils maintenant plus judicieux que les Rickettsiales ? pourquoi ne pouvez-vous pas vous focaliser sur un sous-groupe d'alpha- en particulier ? il faut regarder les gammes d'e-values et leur chevauchement, le différentiel d'e-value entre les groupes.
=> "et toutes autres séquences (euca comme bactérie) consitutent le groupe externe" : NON, faux. Le groupe externe doit etre de même niveau taxo que le groupe d'étude cf le document phylogénie sur ametice. "EuK + autres bactéries sauf les alpha-" n'est pas au même niveau taxo que les alpha-.
Bon travail,
BW