francall 2 Dec 2007 13:57 Non evaluated contribution |
Bonjour, J'ai un petit un petit problème de compréhension avec une de vos remarque de correction qui est la suivante:
"-très curieux tous ces ORF très longs et qui se chevauchent dans des phases distinctes"
Pourriez vous me l'expliquer différement?
Merci |
Hingamp_BC07 2 Dec 2007 20:25 Game master |
Sachant que sur un segment donné d'ADN, au maximum un seul cadre sur les 6 est codant, alors en général un seul cadre ne contient pas de STOP (celui qui code!). Les mêmes contraintes évolutives qui interdisent l'accumulation de mutation STOP dans le cadre codant n'agissent pas dans les 5 autre cadres et on y observe donc en général des STOP 'normalement' fréquents.
Dans votre cas sur un même segment plusieurs cadres sembleraient au premier coup d'oeil subir une pression évolutive "anti-STOP" et pourrait laisser penser que l'on a fait une découverte: un segment codant pour plusieurs protéines distinctes en phases décalées! Du jamais vu! Avant d'appeler la presse, regardez de plus près pour voir s'il n'existe pas une explication plus banale:
>ORF number 1 in reading frame 2 on the direct strand extends from base 2 to base 652. CCCGATCCGTTCCGTGTCCCTCGCCCTGGCTGCCCTTGCGCTGGCCGGCGTTTCCACCGG CGCGCTGGCCCAGGGCGCCGCGGCGTACCCCGACAAGCCGGTGCGCATGGTCATCCCGTT TCCGCCGGGTGGCACGCTCGACAAGGTGGGCCGCATGCTTGCGCTCAAGCTGGGCGAGCA GTTCGGGCACAACATCGTGGTGGACAACCGTCCGGGCGGCAACGGCATCATCGGCGGCGA CATCGTGGCCAAGGCGCCTGGCGACGGCTACACGCTGCTGTTCAACGCCAGCACGTTCGT GACCGCGCCCATGACCATGAAGACCACCCCGTACAAGGTGCAGACGGACTTCGCGCCCAT CGCCTGGGTGGCATCGGCACCGTTGTCCGTCGCCATCAGCCCCAAGCTGGGCGTCAGCGA CGTCAAGGGACTCGTCGCGCTGGCCAAGGCCCAGCCGGGCAAGCTGAACTTCGCGGTGGG CTCGGTCGGCTCGGCCGGCCACCTGTGCACGGTCAAGCTCGAACAGGCCGCCGGCTCGGC CATTGCCATCGTGCCGTACAAGGGCACGGGCCCCGCCATGACCGATCTGGTGGGCGGCCA GATCGAAGGCTTCATCGACCCCGTGCTGGGCTCGGTGCAGTTCCATCGTAA
>Translation of ORF number 1 in reading frame 2 on the direct strand. PDPFRVPRPGCPCAGRRFHRRAGPGRRGVPRQAGAHGHPVSAGWHARQGGPHACAQAGRA VRAQHRGGQPSGRQRHHRRRHRGQGAWRRLHAAVQRQHVRDRAHDHEDHPVQGADGLRAH RLGGIGTVVRRHQPQAGRQRRQGTRRAGQGPAGQAELRGGLGRLGRPPVHGQARTGRRLG HCHRAVQGHGPRHDRSGGRPDRRLHRPRAGLGAVPS*
>ORF number 1 in reading frame 3 on the direct strand extends from base 3 to base 917. CCGATCCGTTCCGTGTCCCTCGCCCTGGCTGCCCTTGCGCTGGCCGGCGTTTCCACCGGC GCGCTGGCCCAGGGCGCCGCGGCGTACCCCGACAAGCCGGTGCGCATGGTCATCCCGTTT CCGCCGGGTGGCACGCTCGACAAGGTGGGCCGCATGCTTGCGCTCAAGCTGGGCGAGCAG TTCGGGCACAACATCGTGGTGGACAACCGTCCGGGCGGCAACGGCATCATCGGCGGCGAC ATCGTGGCCAAGGCGCCTGGCGACGGCTACACGCTGCTGTTCAACGCCAGCACGTTCGTG ACCGCGCCCATGACCATGAAGACCACCCCGTACAAGGTGCAGACGGACTTCGCGCCCATC GCCTGGGTGGCATCGGCACCGTTGTCCGTCGCCATCAGCCCCAAGCTGGGCGTCAGCGAC GTCAAGGGACTCGTCGCGCTGGCCAAGGCCCAGCCGGGCAAGCTGAACTTCGCGGTGGGC TCGGTCGGCTCGGCCGGCCACCTGTGCACGGTCAAGCTCGAACAGGCCGCCGGCTCGGCC ATTGCCATCGTGCCGTACAAGGGCACGGGCCCCGCCATGACCGATCTGGTGGGCGGCCAG ATCGAAGGCTTCATCGACCCCGTGCTGGGCTCGGTGCAGTTCCATCGTAACGGGCAGCTC AAAATCGTGGGCGTCACGTCGGCCAAACGCCTGCCCAACCTGCCCGACGTGCCGACGGTG GCCGAAACGCTGCCGGGCTTCGAATGCGCAAGCTGGTACGGTCTGTGGGCGCCGGCCAGA ACGCCTGCCGACATCGTTCAGAAACTCAACGCCGCCGTGAACAAGCGCTGGCCGGTGACA TGCGCGAGCGGCTGGTCGCCGACGGCATCGTGCCCGGCGGCGGCAGCGTGGCCGAGTTCA CCAAGTTCCAGGCCG
>Translation of ORF number 1 in reading frame 3 on the direct strand. PIRSVSLALAALALAGVSTGALAQGAAAYPDKPVRMVIPFPPGGTLDKVGRMLALKLGEQ FGHNIVVDNRPGGNGIIGGDIVAKAPGDGYTLLFNASTFVTAPMTMKTTPYKVQTDFAPI AWVASAPLSVAISPKLGVSDVKGLVALAKAQPGKLNFAVGSVGSAGHLCTVKLEQAAGSA IAIVPYKGTGPAMTDLVGGQIEGFIDPVLGSVQFHRNGQLKIVGVTSAKRLPNLPDVPTV AETLPGFECASWYGLWAPARTPADIVQKLNAAVNKRWPVTCASGWSPTASCPAAAAWPSS PSSRP
>ORF number 1 in reading frame 2 on the reverse strand extends from base 20 to base 916. ACTCGGCCACGCTGCCGCCGCCGGGCACGATGCCGTCGGCGACCAGCCGCTCGCGCATGT CACCGGCCAGCGCTTGTTCACGGCGGCGTTGAGTTTCTGAACGATGTCGGCAGGCGTTCT GGCCGGCGCCCACAGACCGTACCAGCTTGCGCATTCGAAGCCCGGCAGCGTTTCGGCCAC CGTCGGCACGTCGGGCAGGTTGGGCAGGCGTTTGGCCGACGTGACGCCCACGATTTTGAG CTGCCCGTTACGATGGAACTGCACCGAGCCCAGCACGGGGTCGATGAAGCCTTCGATCTG GCCGCCCACCAGATCGGTCATGGCGGGGCCCGTGCCCTTGTACGGCACGATGGCAATGGC CGAGCCGGCGGCCTGTTCGAGCTTGACCGTGCACAGGTGGCCGGCCGAGCCGACCGAGCC CACCGCGAAGTTCAGCTTGCCCGGCTGGGCCTTGGCCAGCGCGACGAGTCCCTTGACGTC GCTGACGCCCAGCTTGGGGCTGATGGCGACGGACAACGGTGCCGATGCCACCCAGGCGAT GGGCGCGAAGTCCGTCTGCACCTTGTACGGGGTGGTCTTCATGGTCATGGGCGCGGTCAC GAACGTGCTGGCGTTGAACAGCAGCGTGTAGCCGTCGCCAGGCGCCTTGGCCACGATGTC GCCGCCGATGATGCCGTTGCCGCCCGGACGGTTGTCCACCACGATGTTGTGCCCGAACTG CTCGCCCAGCTTGAGCGCAAGCATGCGGCCCACCTTGTCGAGCGTGCCACCCGGCGGAAA CGGGATGACCATGCGCACCGGCTTGTCGGGGTACGCCGCGGCGCCCTGGGCCAGCGCGCC GGTGGAAACGCCGGCCAGCGCAAGGGCAGCCAGGGCGAGGGACACGGAACGGATCGG
>Translation of ORF number 1 in reading frame 2 on the reverse strand. TRPRCRRRARCRRRPAARACHRPALVHGGVEFLNDVGRRSGRRPQTVPACAFEARQRFGH RRHVGQVGQAFGRRDAHDFELPVTMELHRAQHGVDEAFDLAAHQIGHGGARALVRHDGNG RAGGLFELDRAQVAGRADRAHREVQLARLGLGQRDESLDVADAQLGADGDGQRCRCHPGD GREVRLHLVRGGLHGHGRGHERAGVEQQRVAVARRLGHDVAADDAVAARTVVHHDVVPEL LAQLERKHAAHLVERATRRKRDDHAHRLVGVRRGALGQRAGGNAGQRKGSQGEGHGTDR
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