GRP1_GESTIN
2 Apr 2018 16:25
Non evaluated contribution |
Bonjour,
Je suis en train de trier mes séquences alignés contre la base NR en fonction de leur groupe taxonomique. Cependant l'alignement ne m'a donné que 76 séquences et le tri taxonomique a rassemblé les séquences de homologues dans le même groupe Euryarchaeota. De coup je ne vois pas trop comment je suis censé établir un groupe extérieur conséquent pour mon analyse Phylogénétique.
Si quelqu'un a une idée je suis preneur.
| |
Phylum |
Class |
Order |
e-value range |
number of results |
| Archea |
Euryarchaeota |
|
|
0,0 - 1e-4 |
39 |
| Candidatus Thalassoarchaea |
|
6,00E-135 |
2 |
| Thermoplasmata |
Thermoplasmatales |
1E-7 - 1E-6 |
3 |
| Halobacteria |
Halobacteriales |
8e-4 - 8,3 |
15 |
| Natrialbales |
0,22 |
2 |
| Thaumarchaeota |
|
|
0,080 - 5,1 |
3 |
| Crenarchaeota |
Thermoprotei |
Desulfurococcales |
1,9 |
|
| Bacteria |
Bacteroidetes |
Flavobacteriia |
Flavobacteriales |
0,001 |
1 |
| Proteobacteria |
Deltaproteobacteria |
|
0,068 |
2 |
| Nitrospirae |
Nitrospira |
Nitrospirales |
0,99 |
2 |
| Actinobacteria |
Actinobacteria |
Actinomycetales |
2,6 |
2 |
| Proteobacteria |
Gammaproteobacteria |
Legionellales |
6,6 |
3 |
| Eukaryota |
Dictyostelids |
|
|
8,4 |
2 |
|