Bonjour,


Lors de notre première correction vous nous dites "avec un BLAST débridé à + de 100, vous auriez peut-être
un meilleur choix de Gr Ext? ". Nous avons refais un blast en augmentant le nombre de Hits à 500. Notre
groupe extérieur actuel "les gramm+", reste encore majoritaire. Est ce que nous devons rajouter des espèces
toujours gram+ ou prendre/ou ajouter un autre groupe extérieur (par exemple les cyanobactéries ou les GNS)?

Merci d'avance

Avez-vous essayez plus? Dans le commentaire on vous dit de tester plus de 500 si besoin.
Réfléchissez à la logique de prendre les Gram + (Firmicutes ou Actinobacteria???) comme groupe extérieur.
Quel est votre groupe d'étude? Regardez le site du tree of life pour vous guider dans le choix du groupe extérieur.
Céline Brochier

J'ai refais le Blast pour 1000, et j'ai en effet un payasage plus large. Les
gram+ sont trop proches de notre groupe d'étude pour être le groupe extérieur si
j'ai bien compris (protéobactérie et actinobatéries). Il faudrai donc que je
prenne par exemple : les ascomycetes ou les eudicots (mon taxonomie report est dans mon bloc note)

Merci

Je pense que vous n'avez pas bien compris comment est-ce qu'on choisi un groupe extérieur et un groupe d'étude.
Si vous désirez définir un groupe d'étude qui inclus les protéobactéries et les actinobactéries, il faut rechercher quel est le groupe TAXONOMIQUE qui inclus à la fois les Protéobactéries et les Actinobactéries (allez faire un tour sur le site du tree of life pour déterminer quel est ce groupe).
Ensuite, vous devez choisir comme groupe extérieur le groupe taxonomique de niveau immédiatement supérieur au groupe d'étude. Si vous incluez des eucaryotes soyez surs de "l'origine eucaryote" des séquences.
N'oubliez pas ensuite de prendre des séquences représentatives de la diversité du groupe extérieur et du groupe d'étude.
Céline Brochier