Annotathon!

Forum "Alignement multiple: CLUSTALW"

Thread subject: groupe extérieur/ étude

groupe extérieur/ étude

estana
28 Oct 2016 15:07
Non evaluated contribution

Bonjour,

au vu des résultats de taxt list, nous ne savons pas quoi choisir comme groupe d'étude et groupe extérieur car toutes les valeurs d'e-value sont semblable

pouvez-vous nous aider ?

merci

P_Hingamp_BC16
4 Nov 2016 10:31
Game master

Bonjour,

En l'état du Tax Report c'est en effet délicat. Sauf que je suspecte que le Tax Report est tronqué! Votre BLAST semble comporter 5000 hits, alors que le Tax Report n'en présente à peine un millier... Auriez-vous oublié de changer la valeur "Number of BLAST hits to process" de 1000 à 5000 lors de la prodution du TaxReport? Car dans ce cas vous verrez que vous obtiendrez quelque chose dans le style suivant qui change beaucoup le paysage des homologues:

Classification	nb lines	nb hits	min E-value	max E-value
Bacteria:	12	21	8e-31	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sphingomonadales	226	392	4e-29	3e-15
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhizobiales	521	1025	8e-29	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodobacterales	219	379	5e-26	2e-09
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales	76	122	2e-25	4e-10
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria	17	29	1e-23	1e-09
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Caulobacterales	43	76	2e-23	2e-15
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rickettsiales	19	31	2e-22	3e-10
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Kordiimonadales	3	4	4e-22	4e-19
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sneathiellales	1	1	2e-21	2e-21
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Kiloniellales	3	5	5e-17	7e-16
Bacteria:Proteobacteria	2	4	2e-23	2e-11
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Nitrosomonadales	3	4	2e-16	4e-11
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Oceanospirillales	83	126	3e-16	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Epsilonproteobacteria	3	4	1e-15	1e-10
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Chromatiales	42	56	1e-15	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Pseudomonadales	546	1485	1e-15	4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfobacterales	14	14	9e-15	4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales	140	262	2e-14	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Salinisphaerales	1	1	2e-14	2e-14
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Burkholderiales	157	346	3e-14	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria	9	11	3e-14	4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Methylococcales	17	53	4e-14	2e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Xanthomonadales	95	265	4e-14	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Epsilonproteobacteria:Campylobacterales	52	175	8e-14	3e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria	25	40	1e-13	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Legionellales	16	38	7e-13	4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Thiotrichales	17	30	2e-12	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Methylophilales	11	17	5e-12	4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Aeromonadales	8	8	5e-12	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Cardiobacteriales	2	5	6e-12	1e-11
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Gallionellales	3	3	2e-11	9e-10
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Syntrophobacterales	4	4	1e-11	2e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Acidithiobacillales	5	18	1e-11	2e-09
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Neisseriales	39	68	2e-11	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Enterobacteriales	5	25	2e-11	3e-09
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Rhodocyclales	10	16	2e-11	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria	3	5	6e-11	5e-09
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Vibrionales	4	7	1e-10	4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Hydrogenophilales	3	4	4e-10	6e-10
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfovibrionales	2	2	5e-10	7e-10
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfuromonadales	1	1	4e-09	4e-09
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfurellales	2	2	4e-09	5e-09
Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales	71	152	4e-23	3e-10
Bacteria:Bacteroidetes:Bacteroidia:Bacteroidales	184	338	1e-20	3e-12
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Actinomycetales	3	3	7e-19	2e-09
Bacteria:Firmicutes:Erysipelotrichi:Erysipelotrichales	1	1	3e-18	3e-18
Bacteria:Bacteroidetes:Sphingobacteriia:Sphingobacteriales	26	42	3e-18	5e-09
Bacteria:Bacteroidetes:Cytophagia:Cytophagales	5	8	8e-18	5e-09
Bacteria:Chlorobi:Chlorobia:Chlorobiales	9	13	8e-18	9e-10
Bacteria:Spirochaetes:Spirochaetia:Spirochaetales	11	24	1e-16	2e-10
Bacteria:Thermodesulfobacteria:Thermodesulfobacteria:Thermodesulfobacteriales	1	1	2e-15	2e-15
Bacteria:Chlorobi:Ignavibacteria:Ignavibacteriales	1	1	3e-15	3e-15
Bacteria:Firmicutes:Clostridia:Clostridiales	12	27	5e-15	5e-09
Bacteria:Acidobacteria:Acidobacteriales	2	2	7e-15	5e-14
Bacteria:Fusobacteria:Fusobacteriales	3	3	8e-15	2e-12
Bacteria:Nitrospirae:Nitrospira:Nitrospirales	9	14	8e-14	2e-11
Bacteria:Bacteroidetes	4	5	8e-14	6e-13
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales	3	4	3e-13	3e-09
Bacteria:Thermotogae:Thermotogae:Thermotogales	1	1	5e-12	5e-12
Bacteria:Cyanobacteria:Oscillatoriales	16	24	1e-11	5e-09
Bacteria:Firmicutes:Bacilli:Bacillales	8	20	2e-11	3e-09
Bacteria:Chlorobi	1	1	1e-11	1e-11
Bacteria:Tenericutes:Mollicutes:Acholeplasmatales	1	2	2e-11	2e-11
Bacteria:Cyanobacteria:Prochlorales	5	10	5e-11	5e-09
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Coriobacteriales	1	2	8e-11	8e-11
Bacteria:Acidobacteria	1	2	8e-11	8e-11
Bacteria:Cyanobacteria:Chroococcales	49	85	1e-10	5e-09
Bacteria:Cyanobacteria:Pleurocapsales	3	3	1e-10	2e-09
Bacteria:Verrucomicrobia:Verrucomicrobiae:Verrucomicrobiales	4	4	1e-10	3e-09
Bacteria:Armatimonadetes:Chthonomonadetes:Chthonomonadales	2	10	1e-10	2e-09
Bacteria:Firmicutes:Clostridia:Thermoanaerobacterales	7	10	3e-10	5e-09
Bacteria:Firmicutes:Negativicutes:Selenomonadales	2	2	3e-10	8e-10
Bacteria:Cyanobacteria:Gloeobacteria:Gloeobacterales	3	5	7e-10	2e-09
Bacteria:Verrucomicrobia:Spartobacteria	1	1	1e-09	1e-09
Bacteria:Cyanobacteria:Stigonemataceae	1	1	2e-09	2e-09
Bacteria:Cyanobacteria	1	1	3e-09	3e-09
Eukaryota:Streptophyta:Caryophyllales	2	2	1e-23	6e-22
Eukaryota:Porifera:Demospongiae:Haplosclerida	1	1	9e-13	9e-13
Eukaryota:Ascomycota	1	1	5e-09	5e-09
Eukaryota:Ascomycota:Dothideomycetes:Pleosporales	1	2	5e-09	5e-09
Archaea:Crenarchaeota:Thermoprotei:Desulfurococcales	14	16	5e-13	2e-09
Archaea:Crenarchaeota:Thermoprotei:Sulfolobales	9	18	2e-11	5e-09
Archaea:Crenarchaeota:Thermoprotei:Thermoproteales	5	5	6e-11	4e-09
Archaea:Crenarchaeota:Thermoprotei:Fervidicoccales	1	1	1e-09	1e-09
Archaea:Crenarchaeota	3	4	4e-10	9e-10
Archaea:Thaumarchaeota	5	8	9e-13	4e-09
Archaea:	1	2	1e-12	1e-12
Archaea:Thaumarchaeota:Nitrosopumilales	6	7	2e-12	5e-09
Archaea:Euryarchaeota	2	2	4e-12	7e-10
Archaea:Euryarchaeota:Methanomicrobia:Methanomicrobiales	1	1	5e-10	5e-10
Archaea:Euryarchaeota:Thermococci:Thermococcales	2	3	1e-09	3e-09