bonjour, nous avons obtenu aprés plusieurs essais un alignement multipletrés intéressant car on peut bien
localiser des séquences conservées entre notre ORF et les séquences selectionnées. Nous avons donc réalisé
un arbre phylogénétique à partir de cet alignement.

On a obtenu trois arbres avec Protpars, je ne comprend pas pourquoi on en a 3 ? mais heureusement ils
sont plutôt ressemblant et ils encadrent tous les 3 notre ORF par des alphaprotéobactéries.

De plus il y a pour 2 d'entre eux la phrase "requires a total of   4613.000" ^pour l'un et "of 4611.000"
pour l'autre, mais pour le 3ième il n'y a rien d'indiqué.
j'ai cherché dans mes cours mais je n'ai rien trouvé !

merci d'avance pour votre réponse !

Bonsoir,
je ne sais pas si c'est judicieux mais lorsqu'un tel cas est apparu, nous avons collé les
3 arbres proposés. ce sont souvent les mêmes et ils ne diffèrent pas de beaucoup.
Quand au chiffre dont tu parles, il n'est pas mentionné dans le cours, il doit s'agir d'un paramètre
utilisé par le logiciel pour le calcul, mais pas interessant pour ton interprétation phylogénétique.
Généralement, dans tous les arbres proposés , dans ton cas, 3, l'ORF doit clusteriser sensiblement
au même endroit, ou à défaut avec le même groupe.Ca ne doit pas gêner l'étude.

NikOri

Bonsoir,

je réponds sous le contrôle des spécialistes: la construction phylogénétique par parcimonie
est une méthode qui cherche à trouver quelles mutations permettent d'expliquer les
divergences entre les séquences soumise; parmi toutes les solutions possibles (il en
existe un nombre infini!), elle cherche celles nécessitant le nombre minimum de
mutations; il peut exister plusieurs solutions quasi-identiques, qui correspondent aux différents
arbres trouvés; les chiffres indiquent je pense le nombre de mutations nécessaires
pour expliquer les divergences entre les séquences.
Regardez bien les 3 arbres, ils doivent être largement identiques, donc n'en sélectionnez qu'un seul
si tel est le cas.

Carl

Vous faites bien de poser la question.
Le message de Carl a du répondre à votre question, mais j'apporte ici quelques précisions.
Dans le cours, nous avons vu que la méthode de parcimonie cherche sur tous les arbres possibles, le nombre de changements minimal pour expliquer les états de caractères observés (cad dans votre cas les acides aminés des différentes séquences).
A la fin, l'arbre ou les arbres proposé(s) comme solution est celui (sont ceux) qui minimisent ce nombre de changements évolutifs (si un seul arbre, on parle d'arbre le plus parcimonieux, si plusieurs arbres on parle d'arbres équiparcimonieux).
Le logiciel vous indique le nombre de pas du meilleur arbre, mais aussi des arbres équiparcimonieux (ou des arbres présentant un nombre de pas relativement proche du meilleur arbre).
-Si vous avez un seul arbre le plus parcimonieux, n'indiquez que cet arbre là
-Si vous avez plusieurs arbres équiparcimonieux, reportez les tous ou un seul, mais dans tous les cas discutez des différences que vous pouvez observer entre les ces arbres (ces différences pointent en général les nœuds peu stables de votre analyse)
-Si vous avez un arbre plus parcimonieux et des arbres moins bons mais proches (en terme de nombre de changements évolutif), ne reportez que l'arbre le plus parcimonieux mais discutez des différences existantes.
Enfin, revoyez bien votre cours car tout ceci a été vu.
Céline Brochier