Bonjours,
On a fini tous les évaluations 1. Ca vous permet maintenant de finir le travail. J'ai mis beaucoup de commentaire qui vont vous aider pour l'annotation final. Je ne vais plus reprendre l’évaluation 1. S'il y a encore des annotations 1, je vais les passer directement en annotation 2.
Les annotations vont être noté que sur l'annotation 2 finale.
Pour vous laissez le même départ, je vais remettre les évaluation 2 sur annotation 2 pour vous donnez la possibilité de les corrigés si vous le souhaiter. Sinon, vous pouvez le resoumettre en état.

Encore quelques conseils:
- soyez descriptive et succinct sur les résultats
- Conclusion: reprenez les résultats et rajouter une phrase d’interprétation - succinct !
- utilisé vos mots - pas de copier/coller de qqc que ne sont pas vos mots
Détails:
- le stop codon ne compte pas dans les calcules de l'ORF
- la phylogénie détermine l'affiliation taxonomique, pas le blast/tax report. C'est juste une indication.

Cordialement
Achim

Bonjour,
doit t'on commencer avec any codon lors de la recherche d'ORF ? j'avais cru comprendre que c'était pas nécessaire car il pouvait y avoir des protéines incomplètes, et pourtant je retrouve dans ma correction "any codon ? non" que faire alors ? car cela change tous mes résultats si il ne faut pas faire avec any codon.

Cordialement,

Matthieu

Bonjour, \r\ndoit-on commencer avec any codon lors de la recherche d\'ORF ? j\'avais cru comprendre que c\'était pas nécessaire car il pouvait y avoir des protéines incomplètes, et pourtant je retrouve dans ma correction \"any codon ? non\" que faire alors ? car cela change tous mes résultats si il ne faut pas faire avec any codon.\r\n\r\nCordialement, \r\n\r\nMatthieu

Bonjour,
any codon est correct. Je me rappelle vaguement, mais pour être claire: Un vrai ORF au finale ne peut pas commencer avec any codon - le start codon est bien defini, mais pour trouver les ORF possible, il faut bien utiliser any codon, parce qu'il n'y peut être pas de start... Ou j'ai eu tort ou c'était juste une question de formulation.
Cordialement
Achim Quaiser

d'accord, mais je crois que ce n'est pas votre correction, par conséquent je ne sais pas quoi marquer si les deux corrections ne sont pas en accord. :/

c'est la mienne, même si c'est indiqué Emmanuelle... comme j'ai dit avant... " any codon" pour chercher...

Bonjour... est-il possible que quand je rentre aujourd'hui ma séquence de protéines dans blastp (cnbi) de mon premier orf, les résultats que j'obtiens ne sont pas exactement les mêmes qu'avant? du coup tous mes commentaires sont faux maintenant..

Bonjour... est-il possible que quand je rentre aujourdhui ma séquence de protéines dans blastp (cnbi) de mon premier orf, les résultats que jobtiens ne sont pas exactement les mêmes quavant? du coup tous mes commentaires sont faux maintenant..

Bonjour,
dans le blast c'est possible, que vous avez d'autres match, il y a des mise à jour régulièrement..., mais le reste doit être pareil ?

Cordialement
Achim

avant j'avait des identity a 78% et maintenant pas mieux que 35%, pas mal de resultats ont disparus..

Ca semble pas possible,
vérifiez tout: séquences confondu ?, différent ORF sur la même séquence ?. Si ce n'est pas résolu, indiquez moi le fragment en question et je regarde....

Cordialement
Achim

c'est etrange les resultats avec candidatus actino marina avait disparu hier et aujourd'hui ils sont de retour. la séquence protéique que j'utilise est pourtant la même

Rebonjour,
Si interpro trouve une superfamily mais pas de domaine protéique, que dois-je inscrire dans cette partie?

Re,
J'imagine que c'est une question pour tous les participations ! Sinon, ça va trop loin et je pourrais le faire moi même.

Cordialement
Achim

PS: tous le monde est invité à répondre...

Je veux dire par la que malgré le faite que je n'ai pas de domaine protéique, j'ai 5 résultats avec une E-value de 0 qui m'indiquent pourtant tous une Perméase de Prochlorococcus marinus.

Et la superfamily est cohérente avec une permease ?

sur interpro dans domains architecture il n'y a qu'un domaine d'hydrolase, et dans proteines matched j'ai des perméases mais pas de domaine. je n'ai peut-être pas saisi la signification de la superfamille: c'est un domaine qui regroupe d'autres domaines non? dans ce cas je ne peu qu'indiquer la superfamille comme domaine?

A quoi correspond les barres bleues de différentes tailles qui apparaissent dans la case correspondant à l'évaluation ?

C'est la "difficulty" de l'annotation de la séquence. Je ne sais pas exactement ce que vous pouvez voir dans l'évaluation, mais ne vous vous inquiétez pas, je vais utiliser le site que partiellement pour faire l'évaluation.

Cordialement
Achim