GO: Si vous avez déjà fait les domaines et GO sans InterProScan, pas de problème, mais faites le avec InterProScan pour les autres.
Tax: dans blast: indiquez l'affiliation des meilleurs matches et éventuelle des plus éloigner si pertinent. Bacteria c'est trop générale
Phylogénie: utiliser environ 10 sequences les plus proche plus une plus éloigner comme outgroup; indiquez dans les résultats de phylogénie, le proteine (ex. hypothetical proteine) et aussi l'origine taxonomique de ce proteine (ex gammaproteobacteria).
Conclusion: résumez ce que vous avez trouver ou pas. Exemple, si vous avez pas trouvez de GO en utilisant InterProScan, c'est une information important, sinon on ne peut pas savoir si c'était fait.

... quelques infos pour l'optimisation..

Si vous avez déjà soumis sans d'avoir fait tout ça pas de pb
Achim