Bonjour,

Dans les commentaires de la correction de notre première séquence, vous nous avez fait remarquer que nous n'avons pas analyser la distribution des HSP. Je crois que je n'ai pas bien compris ce qu'était un HSP, d'après ce que j'ai lu, cela correspond à l'analyse d'un segment commun le plus long possible entre deux séquences sans indel ayant un score supérieur ou égal à un score que l'on doit définir ?
Si cette définition est correcte, comment devons-nous fixer ce "seuil" ? Et si je comprends bien il faut en fait discuter des scores présents dans notre BlastP contre la banque de données ?

Merci

Bonjour,

HSP = paire de segments localement maximale, dont on ne peut plus augmenter le score en allongeant l'alignement.
Les HSP sont donc les résultats unitaires du blast, cad les alignements entre la séq Query et les seq cibles identifiées dans la banque.
Pour la distribution des HSP, nous sous-entendons le recouvrement de l'alignement / à la séq query : alignement sur toute la longueur, ou sur une partie de la query seulement (chiffrez de... à ...).
Pour discuter la distribution des HSP, vous pouvez utiliser le graphique synoptique, et parlez du recouvrement en général / aux 100 premières séq du résultat de blast.
Et vous pouvez aussi en discuter à partir des 10 alignement de blast vs nr que vous copier ds les resultats bruts : chiffrez, mais faites une moyenne sur les 10 alignements, ou de... à ...

Bon travail,
BW