Bonjour,

Nous avons une question à propos des résultats fournis par Interpro.
Par exemple, si l'ORF code pour une protéine de 200 acides aminés et que la séquence est incomplète en 5', est ce qu'interpro fourni des résultats de domaine "incomplets" en 5' ? Ou bien est ce que si le domaine fourni par Interpro commence à l'acide aminé 1 c'est sa position réelle ?

Je m'explique avec un schéma :
Taille ORF :                      -*********************************-
Taille réelle domaine : -*****************-
Taille fournie domaine :          -******-


Merci, bonne journée.

En fonction de la longueur du domaine et de la longueur de la portion manquante dans votre ORF, il est possible d'avoir des prédictions de domaines conservés par InterPro sur des séquences tronquées. La bornes de la prédiction sont alors les extrémités de la portion détectée dans votre ORF, mais bien entendu ces bornes seraient sûrement différentes si vous aviez la protéine complète. Encore plus compliqué est que les bornes prédites (même sur une séquence complète) ne sont pas forcément les bornes "réelles" du domaine, car certaines signatures de domaines se limitent à la région la plus hautement conservée sans tenir compte de l'étendue maximale d'un domaine. Pour identifier les bornes précises des domaines protéiques, il faudrait faire de la modélisation 3D (et encore).