Bonjour,
Nous rencontrons quelques incompréhensions face à la correction de notre séquence Beyrouth-Alexandria station 30 SUR. Ci-dessous vos commentaires et nos questions correspondantes:
-" ORF/Analyse: Quand vous avez choisi "any codon" en initiation, ne soyez pas surpris si votre ORF ne commence pas par un codon d'inititation!"
Nous ne sommes effectivement pas surprises, nous avons dit pour chaque ORF qu'il contient son codon d'initiation ce qui justifie qu'il est complet en 5', ce qui est est la conclusion logique au fait qu'aucun ne commence en position 1 de notre séquence requête. Nous ne comprenons pas vos attentes quant à ce commentaire.

-"BLAST/Taxonomie: Discutez votre choix de groupe d'étude"
La justification se trouve dans la rubrique "rapport taxonomique" à la suite de notre tableau récapitulatif. Peut-être le problème est-il la rédaction de cette argumentation ? Devons-nous plus mettre en avant l'argument principal qu'est le différentiel de E-Val ?

-" BLAST/Taxonomie: Mauvais choix / non justification du choix du groupe extérieur"
Ce point a, nous semble-t-il, été discuté avec Mr Hingamp et la conclusion était que nos groupes étaient les plus judicieux. Ce point n'est donc plus à pendre en compte ?

-"TAXONOMIE: Vous pouvez sélectionner plus de séquences."
La diversité de notre groupe ne semble pas nécessiter plus de séquences pour les analyses suivantes. En effet, nous n'avons que des Prochlorococcus de quelques souches différentes, mais notre sélection représente chacune de ces souches. Peu-être voudriez-vous que nous sélectionnions aussi des séquences avec un e-val plus faible ? même si celles-ci proviennent d'une souche déjà représentée dans notre sélection.

Merci de votre attention. LB-MN

Bonsoir, tout d'abord sachez que je suis désolé si vous avez du mal à comprendre le sens de mes remarques. Mais rappelez-vous que ce sont des remarques que ne nous vous faisons pour vous aidez à avoir la meilleure note possible. Je vais tenter d'éclaircir un peu:

-" ORF/Analyse: Quand vous avez choisi "any codon" en initiation, ne soyez pas surpris si votre ORF ne commence pas par un codon d'inititation!"
Nous ne sommes effectivement pas surprises, nous avons dit pour chaque ORF qu'il contient son codon d'initiation ce qui justifie qu'il est complet en 5', ce qui est est la conclusion logique au fait qu'aucun ne commence en position 1 de notre séquence requête. Nous ne comprenons pas vos attentes quant à ce commentaire.
-> Cette remarque est en rapport avec la position supposée de votre codon d'initiation (utilisez notamment l'alignement multiple).

-"BLAST/Taxonomie: Discutez votre choix de groupe d'étude"
La justification se trouve dans la rubrique "rapport taxonomique" à la suite de notre tableau récapitulatif. Peut-être le problème est-il la rédaction de cette argumentation ?
-> oui. Il n'y a qu'un seul élément de l'argumentation.
Devons-nous plus mettre en avant l'argument principal qu'est le différentiel de E-Val ?
-> Je vous le conseille fortement.
-->> Ici il s'agit de détails mais cela vous apprend à être plus rigoureux(ses?)!

-" BLAST/Taxonomie: Mauvais choix / non justification du choix du groupe extérieur"
Ce point a, nous semble-t-il, été discuté avec Mr Hingamp et la conclusion était que nos groupes étaient les plus judicieux. Ce point n'est donc plus à pendre en compte ?
-> Je fais totalement confiance à Mr.Hingamp mais en vous relisant je pense que ma remarque portait plus sur le 'non justification du choix du groupe extérieur', ou comment vous en avez conclu qu'il fallait le définir ainsi.

-"TAXONOMIE: Vous pouvez sélectionner plus de séquences."
La diversité de notre groupe ne semble pas nécessiter plus de séquences pour les analyses suivantes. En effet, nous n'avons que des Prochlorococcus de quelques souches différentes, mais notre sélection représente chacune de ces souches. Peu-être voudriez-vous que nous sélectionnions aussi des séquences avec un e-val plus faible ? même si celles-ci proviennent d'une souche déjà représentée dans notre sélection.
-> Nous vous avions conseillé de sélectionner entre 20 et 30 séquences du groupe d'étude (vous en avez pris 9) et 10 à 15 du groupe externe (vous en avez pris 11). Il me semblait un peu dommage de se limiter à si peu de séquences, notamment pour l'alignement multiple. Maintenant, libre à vous de laisser en l'état mais dites en un mot pour le justifier (ce que vous semblait faire ici).

J'espère vous avoir plus aidé qu'embrouillé(es).
Bon courage!

Bonjour,
C'est effectivement dans le soucis de répondre à vos attentes et donc d'améliorer notre travail pour la deuxième annotation que nous vous demandons quelques précisions.

-" ORF/Analyse: Quand vous avez choisi "any codon" en initiation, ne soyez pas surpris si votre ORF ne commence pas par un codon d'inititation!"
-> Cette remarque est en rapport avec la position supposée de votre codon d'initiation (utilisez notamment l'alignement multiple). Ce que nous devons alors faire c'est une estimation hypothétique de notre codon d'initiation grâce à l'alignement multiple ?

-"BLAST/Taxonomie: Discutez votre choix de groupe d'étude"
-> oui. Il n'y a qu'un seul élément de l'argumentation
Nous avons donné une brève définition de ce que doit être le groupe d'étude puis nous avons justifié nos choix par le nombre d'homologues et la gamme de e-val pour chacun des groupes ainsi que par le différentiel de e-val entre ces deux groupes. La rédaction ne met effectivement pas les bonnes choses en valeur, elle sera donc changée.

-" BLAST/Taxonomie: Mauvais choix / non justification du choix du groupe extérieur"
-> Je fais totalement confiance à Mr.Hingamp mais en vous relisant je pense que ma remarque portait plus sur le 'non justification du choix du groupe extérieur', ou comment vous en avez conclu qu'il fallait le définir ainsi.
Apparemment il en avait discuté avec vous, nous voulions juste savoir si ce point était encore ou non à prendre en compte. Pour la justification, cela nous ramène au commentaire précédent.

-"TAXONOMIE: Vous pouvez sélectionner plus de séquences."
-> Nous vous avions conseillé de sélectionner entre 20 et 30 séquences du groupe d'étude (vous en avez pris 9) et 10 à 15 du groupe externe (vous en avez pris 11). Il me semblait un peu dommage de se limiter à si peu de séquences, notamment pour l'alignement multiple. Maintenant, libre à vous de laisser en l'état mais dites en un mot pour le justifier (ce que vous semblait faire ici)
Nous avons conscience de cette instruction, le problème c'est qu'elle s'applique aussi dans l'hypothèse de groupes contenant 300 homologues avec une diversité d'espèces et de souches bien supérieure à la notre. Nous pensons avoir représenté la diversité de nos souches homologues et nous pensions que mettre plus de séquences aurait rendu nos analyses ultérieures inutilement plus chargées, c'est pour cela que nous sommes restées sur ce choix. Cependant si vous pensez que notre groupe d'étude n'est pas représenté dans sa totalité (gamme de e-val par exemple) nous pouvons effectivement relancer nos analyses, le tout est de savoir si c'est cela que vous entendez dans votre commentaire.

Merci d'avoir pris ce temps,
Très cordialement,
LB-MN

Bonsoir,

'Ce que nous devons alors faire c'est une estimation hypothétique de notre codon d'initiation grâce à l'alignement multiple ?'
-> oui

'elle sera donc changée.'
-> ok!

Bon courage!