Bonjour,

Nous avons un soucis au niveau de notre arbre enraciné, en fait, les noeuds séparant les groupes d'étude (protéobactéries) et groupe extérieur (autres bactéries) sont mal supportés. Cela veut-il dire que notre arbre n'est pas cohérent ?
Voici le lien vers l'arbre enraciné : http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/alacarte.cgi?workflow_id=48ad58b97aae845b96f1bf772fa613f3&tab_index=5.2

Merci

Je me permets également d'ajouter une petite remarque sur le fait que tous nos tableaux sont bien faits sur les ordinateurs que nous avons utilisés, mais qu'en fonction de l'ordinateur utilisé les tableaux apparaissent parfois décalées. Nous avons déjà eu une remarque à ce sujet concernant notre 1ere séquence, nous ne savons donc pas quoi faire par rapport à ce problème ...

En effet, les noeuds profonds (anciens) sont mal supportés et c'est très fâcheux pour la crédibilité de votre arbre:( Or j'ai vérifié votre alignement multiple après GBlocks et il y a pléthore d'AA correctement alignés (289)... Sauf que l'alignement est trop beau! Autant un alignement avec des séquences trop éloignées donnera trop peu de positions conservées (et donc un arbre mal résolu), autant des séquences trop proches donnera un alignement trop conservé (peu de positions informatives) et donc un arbre mal résolu! Dans le cas extrême où toutes les séquences seraient identiques, vous imagineriez facilement qu'il soit impossible de regrouper les séquences par ordre de ressemblance: malgré un alignement multiple parfait, vous auriez un beau râteau (une multifurcation) avec un noeud unique d'où émergeraient toutes les séquences (ou avec des noeuds binaires vous auriez N noeuds aléatoires avec des supports de 0)...

Donc il faut malgré l'apparente excellent allure de votre alignement multiple tenter d'aller chercher des positions plus informatives (des colonnes bien alignées mais pas 100% identiques) en relâchant la stringence de GBlocks par exemple. J'ai refait votre arbre avec un GBlocks moins sévère et ça semble assez prometteur: 387 positions retenues dans l'alignement, des noeuds profonds (anciens) très bien soutenus, et une branche alphaprotéo bien cohérente contenant votre ORF:
http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/alacarte.cgi?workflow_id=16cd535e9d27e6299855d8907249ff96&tab_index=6&go_next=1

Nous vous remercions pour votre réponse.