Bonjour,

Nous avons un soucis dans le choix de notre groupe d'étude. En fait notre choix nous parait assez complexe. Nous avons d'abord pensé à prendre les alphaprotéobactéries qui présentent la meilleure gamme d'E-value comme groupe d'étude et dans ce cas le groupe extérieur serait toutes les autres protéobactéries (puisque nous ne disposons pas de bétaprotéobactéries ce qui nous aurait permis de prendre les béta et gamma protéo en tant que groupe extérieur).

Mais nous nous demandons si ce choix est judicieux, en effet, en regardant notre tableau on peut apercevoir que les cyanobactéries (notamment les stigonematales) présentent également une bonne gamme de E-value. Nous avons donc également pensé à prendre toutes les bactéries comme groupe d'étude mais dans ce cas cela pose soucis pour le choix de notre groupe d'étude.

En vous remerciant pour votre aide.

ERRATUM : Dans notre titre nous voulions indiquer "groupe d'étude" et bien évidemment pas "groupe intérieur".

ERRATUM : Dans notre titre nous voulions indiquer \"groupe d\'étude\" et bien évidemment pas \"groupe intérieur\".

ERRATUM : Dans notre titre nous voulions indiquer "groupe d'étude" et bien évidemment pas "groupe intérieur".

ERRATUM : Dans notre titre nous voulions indiquer groupe d'étude et bien évidemment pas groupe intérieur.

"d'abord pensé à prendre les alphaprotéobactéries qui présentent la meilleure gamme d'E-value comme groupe d'étude et dans ce cas le groupe extérieur serait toutes les autres protéobactéries (puisque nous ne disposons pas de bétaprotéobactéries ce qui nous aurait permis de prendre les béta et gamma protéo en tant que groupe extérieur). " => même en l'absence de bétaprotéobactéries vous pouvez fort bien choisir les Gamma comme groupe extérieur! C'est le cas contraire qui est incorrect: ne choisir que les Gamma comme groupe extérieur alors que vous avez des homologues chez les bétaprotéobactéries...

Vu les meilleurs score des homologues d'alphaprotéobactéries (645, je ne cite pas ici les E-value car étant arrondies à zéro ne permettent pas de comparaisons utiles), le différentiel avec le meilleurs score des autres protéobactéries (397 chez les delta, 367 chez les gamma) parait largement assez significatif pour justifier une groupe d'étude limité aux alphaprotéobactéries (donc groupe ext gamma & beta, sachant que vous n'aurez que des gamma dans votre cas précis). L'alternative vu le score assez conséquent chez les non protéobact (451 chez les cyano) serait de choisir les protéobact comme groupe d'étude, et les autres bact comme groupe ext. Elargir aux bactéries comme groupe d'étude ne me parait pas vraiment justifié, surtout avec le risque énorme encouru avec des scores élevés dans les alphaprotéo et les eukaryotes...

Nous vous remercions pour votre réponse !